Он чувствует себя счастливым в семье, в окружении родных людей. Только теперь он понимает, как все эти годы не хватало ему Яны и детей. С гордостью смотрит он на повзрослевшего Даниила. Мальчик здоров, сообразителен и сердечно привязан к Яне, заменившей ему мать. Радостным встречам нет конца, но настают и суровые будни. Совет старейшин общины с нетерпением ждал его приезда. Дело в том, что в связи с переходом в католичество правителя Лешно Богуслава Лещинского положение общины значительно осложнилось. Атмосфера веротерпимости, испокон века господствовавшая в городе, резко меняется: в ней преобладает теперь дух ненависти и вражды. Иезуиты чувствуют себя хозяевами города. В этих условиях особенно требуются сплоченность и дисциплина, к тому же тяжело болен первый епископ Вацлав Лохар и, видно, дни его сочтены...
Ян Амос с головой погружается в дела общины. Читает проповеди, ободряет упавших духом людей, его поддержку и помощь ощущают многие, и прежде всего бедняки, больные, вдовы... Вскоре Вацлав Лохар умирает. Община выбирает первым епископом Коменского. Он отказывается, ссылаясь на то, что собирается ехать в Голландию, чтобы окончить начатые труды и издать их. Но старейшины непреклонны, тем более что они готовы дать ему помощника, который будет посещать больных, обслуживать крестины, похороны и прочее в этом роде; за Коменским же останется общая ответственность за всех. Яну Амосу приходится согласиться. Правда, он ставит условие: старейшины должны собираться в определенные дни для обсуждения его пансофических работ в присутствии нескольких студентов богословия, чтобы эти студенты переписывали одобренные части набело, причем каждый отдельно (ради их сохранения в случае каких-либо несчастных происшествий). Разумеется, это условие единодушно принимается.
В трудное время становится Ян Амос духовным главою общины, объединяющей изгнанников, теряющих последние надежды обрести родину, которую могут не увидеть и их дети, выросшие на чужбине. В среде братьев возрождаются пророчества и хилиастические мечтания...
Вестфальский мир принес лишь временное успокоение. Борьба протестантских стран, где к власти пришла буржуазия, с реакционными католическими монархиями продолжается — в торговом и дипломатическом соперничестве, в политических и дипломатических столкновениях. Англия завоевывает в Европе небывалое влияние, захватывает морские торговые пути, новые рынки для сбыта своих товаров.
Неожиданно шведская королева Христина переходит в католичество и отрекается от престола. Королем становится Карл X Густав.