Ян Амос с горечью видит, как распадается община. После гибели Лешно, где находилось ядро братства, люди рассеиваются по разным уголкам Европы. Их уже не сплачивает общее место жительства, устои, дисциплина. Многолетние испытания на чужбине истощили силы общины. Многие устали, разуверились. И все-таки нельзя сдаваться: ведь еще теплится огонек надежды на освобождение Чехии. Венгерский князь Ракоци воюет с Габсбургами, он уже перешел границу Польши: это огромное событие, и Ян Амос стремится поддержать в сердцах братьев угасающую веру.
Коменский делает все, чтобы сохранить общину, собирает средства для материальной поддержки братьев, обращается к ним с письмами, ведет обширную переписку с государственными деятелями, которые могут способствовать освобождению родины. Здесь, в Амстердаме, он издает также и чешские книги, которые должны помочь изгнанникам, оставшимся в одиночестве. Книги эти должны напоминать о родине, поддерживать в трудные минуты, внушать дух надежды и борьбы. Ян Амос признается в письме к голландскому издателю Монтану: «Еще в ранней молодости овладела мной мечта написать на родном языке именно для своего народа несколько книг и тем самым способствовать его дальнейшему образованию. И мечта эта не покидала меня целые пятьдесят лет».
Несмотря на болезнь, на тоску, порой охватывающую его, Коменский борется. Искренне, правдиво выражает он свои чувства в сочинении, которое не может не написать. Он называет его «Грустный зов пастыря рассеянной гибнущей пастве». По мыслям и настроению оно созвучно «Завещанию», где он передает современным и грядущим поколениям свои заветы любить родину, ее язык, бороться за ее свободу. Силы Коменского на исходе, он не скрывает этого и тем не менее не сдается: «Так оставайтесь с богом, друзья дорогие! А на меня иначе, как если бы вы меня в гроб положили, оглядывайтесь! Ибо хотя дыхание мое еще не угасло сегодня, завтра оно подымет ли мою грудь — не знаю». Это прощание, но это и завет не падать духом, держаться до конца. И пока он жив, думают те, кто прочитал «Зов» своего пастыря, жива истина, жива правда, и, значит, нельзя сдаваться.
Однако события разрушают последние надежды изгнанников. В войну вступает Дания. Шведы вынуждены отступать. Они терпят от поляков жестокое поражение и уходят из Польши. Георг Ракоци, лишенный поддержки сильного союзника, вынужден заключить с поляками мир на унизительных условиях. Спешно его армия покидает Польшу, но тут ее неожиданно атакуют турки. Султан находит подходящий момент, чтобы разделаться с венграми, которые всегда мужественно противостояли турецкому проникновению в Европу. Удар султана рассчитан точно. Армия Ракоци частью уничтожена, частью взята в плен, а сам он с небольшой горсткой воинов чудом успевает пробиться домой.