Митрофан родился в 1495 году в Торжке Новгородской губернии.
Его отец был священником. Смиренный служитель алтаря, он старался воспитать своего сына в правилах строгого благочестия. Митрофан рано научился читать и писать и еще ребенком возлюбил посещать храм, в котором он чувствовал себя отраднее всего. Он первым являлся в храм на зов церковного колокола и последним уходил из него. Детские игры и развлечения не занимали его ум. Митрофан избегал их. Он целыми днями просиживал над Священным Писанием, словно отыскивая в нем то, чего не давала ему, ребенку, и потом юноше, окружающая жизнь. В священных книгах раскрывался смысл жизни и находился ключ, отпирающий врата вечного блаженства.
Сверстники звали Митрофана позабавиться, но он отвечал отказом. Не для него-де забавы. Его звали на игрища. «Зачем я пойду туда?» — словно говорил его умоляющий взор, который он обращал на ровесников, и те мало-помалу убеждались, что Митрофан не такой как они: какой-то странный, какой-то особенный. Но этого необычного юношу никто из них не решался укорить. Его не понимали, но и не осуждали. Сосредоточенность и серьезность, не по летам отличающие Митрофана, приводили сверстников в недоумение. Отчего он такой? Какими чувствами он полон? Чем живет его чистая душа? Это трудно да и, более того, невозможно было отгадать. И молодежь отступила от него. А он этого только и хотел, хотел одиночества, которое бы помогло ему углубиться в Священное Писание и воспарить мыслью к Богу…
Отцу по душе была Митрофанова скромность и отчужденность от мирских забав. Соблазн, один соблазн эти забавы! Подальше от соблазна — лучше. Кристалл души так-то дольше сохранится, сердце больше останется не загрязненным греховными помыслами, красота внутренняя не увянет. В храме во время богослужения иерей прислушивался к пению и чтению своего Митрофана, и радовал отца его звонкий голос. В этом голосе звучали какие-то особенные нотки, чувствовалась какая-то необычайная проникновенность в чтении сыном кафизм, Апостола, часов. Когда наступало время пения, особенно «Херувимской», у Митрофана вдруг будто крылья вырастали, унося его ввысь, словно он в эти минуты видел сонм ангелов, среди раскрывшихся небес. И неземной восторг, охвативший юношу, придавал его молодому голосу неизъяснимую красоту! Блистали его глаза, румянец вспыхивал на щеках, весь трепетал Митрофан и, трепеща, разливал по убогому храму волны несказанно сладких звуков. И кого бы не захватило такое пение и не оторвало от земли и житейских забот? Отцу не легко было совладать с собою. Когда он произносил возгласы или читал молитву, слышно было, как дрожал его голос. Очевидно, слезы подступали к горлу иерея. Он возвращался после службы домой и говорил: