В «Пережитом» В. В. Витковский тепло вспоминает и пребывание в Военно-инженерном училище и своих товарищей. Особенно близко сошелся он с Д. Д. Гедеоновым, единомышленником в стремлении к астрономии и геодезии, затем с К.И. Величко, будущим профессором инженерной академии, и Поморским. Не меньшая дружба связывала Витковского с А. И. Вилькицким (1858—1913), будущим крупным геодезистом и гидрографом. Часто вспоминает он и юнкера Шарапова, соседа по комнате, который «пускался в поэзию» и сочинял незамысловатые>1 вирши на темы жизни училища.
Тяжело давалась Витковскому в училище строевая служба. И хотя сам генерал-адъютант Э. И. Тотлебен (1818—1884), в прошлом сослуживец и товарищ его отца, при инспекторском смотре юнкеров выразил надежду видеть юнкера Витковского впоследствии по примеру отца фельдфебелем училища (лучшие по успехам юнкера старшего класса производились в портупей-юнкера, а наиболее способный из них к строевой службе и к наукам становился фельдфебелем), из него не получился даже портупей-юнкер.
Парадоксально, но будущий крупнейший геодезист по юнкерской традиции не очень радиво относился и к полевым съемочным работам, предпочитая им чтение занимательных книг. Этому способствовало то обстоятельство, что съемкам в училище, по словам Витковского, обучали «весьма бестолково». Музыку за годы пребывания в училище он почти полностью забросил.
В 1875 г., окончив Военно-инженерное училище без особого блеска (хотя по всем теоретическим предметам физико-математического содержания у него были высокие оценки), Витковский, в чине подпоручика, назначается в 1-й саперный батальон, в Гору Кальварию (небольшой посад на р. Висле, вблизи Варшавы).
Василий Васильевич отказался от службы в столице, чтобы «снова не попасть в музыкальную муштру» отца и чтобы служить вместе с близким ему по духу Д. Д. Гедеоновым. Но разве мог отец отпустить своего сына «без музыки»? Нет! И вот, несмотря на отговорки, вспоминает Витковский в «Пережитом», «отец заставил меня взять с собой скрипку, альт, большой запас нот и деньги на непременную покупку пианино».
Началась строевая служба.
Разместились бывшие питомцы Военно-инженерного училища (Витковский, Гедеонов и Поморский) в Горе Кальварии прекрасно, в доме для офицерского состава, вблизи казарм 1-го и 2-го саперных батальонов. Витковский, купив согласно воле отца пианино, поставил его в одной из занимаемых офицерами комнат.
Здесь, вдали от родного дома, Витковский первоначально имел намерение, как он писал в «Пережитом», «всецело заниматься математикой, чтобы явиться к будущим академическим экзаменам не со сведениями одной, довольно ограниченной, приемной программы, но во всеоружии математических знаний. Вместо этого все свободное от службы время посвящалось музыке». Против воли он сделался в Горе Кальварии центром музыкального кружка, что очень печально отражалось на научных занятиях. «Я неоднократно... говорил о моей нелюбви к музыке,— писал Витковский в ,,Пережитом“,— но в Горе Кальварии мне волей-неволей пришлось изменить свой взгляд... У нас завелись настоящие музыкальные вечера... Редкая неделя проходила без вечеринки, где собиралась молодежь и усердно отплясывала под мою игру». И если из Петербурга он бежал в Гору Кальварию, желая избавиться от музыки и целиком отдаться науке, то теперь, после мучительных раздумий, решил вернуться в Петербург. Не без помощи отца в мае 1876 г. Витковский был переведен в Петербург и прикомандирован к 3-му Военно-полевому телеграфному парку.