14 июля 1826 г. Бенкендорф представил на утверждение Николаю структуру и штат нового отделения императорской канцелярии, а уже 27 июля новое государственное учреждение приступило к работе.
Первоначальная организация Ш Отделения С.Е.И.В.К. была следующая.
Первая экспедиция «ведает предметы высшей полиции и сосредотачивает сведения о лицах, состоящих под полицейским надзором.
Вторая экспедиция «ведала» делами секты и церковных расколов, а также делами по фальшивым монетам и документам и хозяйственную часть всех мест заключения государственных преступников.
Выполнение контрразведывательных функций по наблюдению за иностранцами и их выдворению за пределы империи возлагалось на третью экспедицию.
Четвертая экспедиция занималась составлением отчетов и «перепиской о всех вообще происшествиях в империи».
Личный состав Ш Отделения в 1826 г. был определен в 16 человек; в 1829 г. он был увеличен до 20 человек, а в 1841 – до 28. Затем, в 1842 г. была образована Пятая экспедиция (для театральной цензуры) в составе трех лиц; в 1849 г. определены еще 3 чиновника для содержания архива, и наконец, в 1850 г. разрешено усилить Ш Отделение еще 6 чиновниками.
В апреле 1856г. штат Отделения включал 41 чиновника и еще 8 прикомандированных лиц. А к моменту его ликвидации в августе 1880г. штат III Отделения составляли 72 сотрудника.
Правда, к этому необходимо прибавить также около пяти с половиной тысяч служащих Отдельного корпуса жандармов. Корпус жандармов был учрежден 28 апреля 1827 г., с 1835 г. – он стал именоваться Отдельным корпусом жандармов (ОКЖ), и к концу уже следующего года насчитывал 4 278 служащих. А всего на 1 января 1880 г. в штате ОКЖ состоял 521 офицер и 6 287 "нижних чинов".
В отличие от своих предшественников, III Отделение было не только головным органом политического сыска, но и координировало деятельность полицейских и жандармских властей на всей территории империи.
Помимо прочего Отделение готовило ежегодные нравственно-политические отчеты "о состоянии народного духа", представляющие и ныне интереснейший источник по социально-политической истории страны.
Процитируем первый из ежегодных отчетов о деятельности Ш Отделения. Не являясь, собственно отчетом «о деятельности», он был составлен на французском языке управляющим канцелярией Ш Отделения Максимом Яковлевичем фон Фоком, что свидетельствует как о степени доверия Бенкендорфа этому сотруднику, так и о его роли в истории страны.
Стремясь представить императору полное представление о назначении и «методологии» деятельности политической полиции, фон Фок осмелился начать «всеподданнейший краткий обзор общественного мнения за 1827 год» следующими словами: