Оказавшись обманутым и преданным самыми близкими единомышленниками и поняв, что принятые им решения успеха не приносят, царь совершает неожиданный шаг. Третьего декабря 1564 года Иван IV вместе с семьей выехал из Москвы в сопровождении бояр и дворян, которым еще доверял. С собой он взял казну и некоторые особо чтимые святыни. После посещения Троице-Сергиева монастыря государь остановился в летней резиденции — Александровской Слободе (ныне г. Александров, в 100 км к северо-востоку от Москвы). В начале января 1565 года именно отсюда он шлет в Москву две грамоты. В первой, адресованной боярам, духовенству и служилым людям, он обвинял их в изменах и потворстве изменам, а во второй царь объявлял московским посадским людям, что у него «гневу на них и опалы никоторые нет». Послания царя, прочитанные на Красной площади, вызвали в городе немалое волнение. Московское «людье» потребовало, чтобы царя уговорили вернуться на престол, угрожая, что в противном случае они «государственных лиходеев и изменников» сами «потребят».
Вскорости к Иоанну Васильевичу прибыла делегация духовенства и боярства и уговорила его вернуться на престол с условием, что «ему своих изменников, которые измены ему, государю, делали и в чем ему, государю, были непослушны, на тех опала своя класти, а иных казнити и животы их и статки имати, а учинити ему на своем государстве себе опричнину, двор ему учинить себе и весь обиход особный». Народ принимает условия царя, и Иван IV возвращается в Москву.
Указ о создании опричнины был им издан немедленно по возвращении в столицу. Опричнина означала личный удел царя, остальная часть государства стала именоваться земщиной — ею управляла отныне Боярская дума. Политическим и административным центром опричнины стал «особый двор» со своей Боярской думой и приказами. В опричнине имелась также и особая казна. Первоначально в опричнину была взята тысяча (позже — уже 6 тыс.) в основном служилых людей, но были и представители некоторых старых княжеских и боярских родов. У опричников была особая эмблема в виде собачьей головы и метлы. Это означало, что опричник должен грызть «государевых изменников» и выметать измену. Но не карательная, а административная функция опричнины стала важным направлением ее деятельности. «Аз есмь царь, — говорил Грозный, — Божиим произволением, а не многомятежным человеческим хотением».
И конечно же, другой важнейшей задачей, стоявшей перед организацией, была защита монарха и государства. В состав опричнины входило особое опричное войско — своеобразная лейб-гвардия при царе. Отбор в него был весьма жесткий, и только «лучшие люди» имели шанс на зачисление в опричные полки. Комплектовались полки из преданных царю дворян и детей боярских «опричных» волостей и уездов. В 1565 году войско насчитывало 1 тыс. опричников. На 20 марта 1573 года в составе опричного двора царя Иоанна числилось 1854 человека. Из них 654 опричника составляли охранный корпус государя, остальные 1200 были разделены на четыре приказа, а именно: Постельный, ведающий обслуживанием помещений дворца и предметами обихода царской семьи; Бронный, то есть оружейный; Конюшенный, в ведении которого находилось огромное конское хозяйство дворца и царской гвардии, и Сытный — продовольственный.