Президент Олкотт защищал буддизм не только в Индии и на Цейлоне. Так, в 1889 году им была предпринята поездка в Японию с целью объединения на общей платформе различных буддийских сект. В 1890 году Олкотт провел первый съезд Цейлонской секции, где был принят проект устава. В этом же году на Цейлоне с помощью Олкотта была открыта буддийская школа для девочек. Став первой такой школой на острове, она явилась началом движения за высшее образование сингалезских девочек под буддийским управлением.
После консультаций с представителями секций общества было принято решение, что 1 января 1891 года четыре индийские секции должны слиться в одну, а Арчибальд Кейтли станет генеральным секретарем со штаб-квартирой в Адьяре. Прежние генеральные секретари станут провинциальными секретарями и сформируют исполнительный комитет новой индийской секции. В июне 1890 года по инициативе Е. П. Блаватской была сформирована секция Теософского общества, призванная координировать всю деятельность общества в Европе. Елена Петровна стала президентом этой секции, а ее квартира в Лондоне — штаб-квартирой для ведения всех официальных теософских дел в Европе. При этом полковник Олкотт оставался, как прежде, президентом-основателем Теософского общества во всем мире.
Зная, что час ее смерти приближается, ЕПБ сформировала вокруг себя группу учеников для более глубокого изучения эзотерической философии и регулярно инструктировала их. Кроме того, она посылала своих учеников распространять учение, которое она им передала, в разных городах Англии и в разных странах мира.
Елена Петровна ушла из жизни 8 мая 1891 года. Это известие попало на первые полосы многих газет мира. Лондонская «Пэл-Мэл гэзет» назвала ее одной из самых выдающихся женщин поколения. «Нью-Йорк трибюн» отметила, что никто, кроме Блаватской, «не совершил большего в смысле раскрытия долго хранимых за семью печатями сокровищ восточной мысли, мудрости и философии».
Теософское общество продолжало существовать и работать. Президент общества объявил, что в его политике не будет никаких изменений и что три заявленные цели будут строго выполняться. Было вновь подтверждено и гарантированно неоспоримое право выражения мнений и абсолютного равенства членов общества. Также он подтверждал, что принцип автономного управления будет соблюдаться в отделениях и филиалах в пределах международного устава Теософского общества.
После смерти Олкотта в 1907 году президентом стала Анни Безант, которая обладала сильным характером, широкой эрудицией и философским складом ума и которую ЕПБ еще при жизни назначила своей преемницей.