Ввиду столь неудачных попыток «выделения», по-видимому, не оставалось ничего иного, как отвергнуть совсем или отчасти апостольское происхождение Иоаннова евангелия; однако же мотивы этого разделения слишком глубоко коренились еще в настроении современников, и нас не должно удивлять то, что многие полагали, что стоит только приняться за дело как следует, чтобы эта операция осуществилась успешно. По словам Швейцера, метод Вейсе, состоящий в том, чтобы считать произведением апостола все речи, а рассказы и беседы признавать чужим произведением позднейшего происхождения, не приводит к намеченной цели, потому что речи в большинстве случаев неразрывно связаны с предшествующими беседами, а последние — с рассказами. Но и ему казалось, что евангелие отмечено печатью двойственной работы и ума и заключает в себе высший и низший элементы; определенная часть Евангелия от Иоанна ему также претила своим чудесным элементом и внешним, поверхностным пониманием вещей, которому не соответствует идеальный дух остальных частей евангелия. Стало быть, у Швейцера апостольский текст тоже обособляется от неапостольского и пространные речи, как носители идеального духа, отличаются от интерполяций. Но в противоположность Вейсе он не исключает из «апостольской» части ни всех рассказов, ни всех диалогов; напротив, он находит, что диалоги не вызывают никаких сомнений в этом отношении, а в некоторых рассказах, например об омовении ног, о миропомазании, о страстях Иисуса, он находит даже признаки очевидной достоверности; впрочем, рассказы о чудесах он тоже не колеблется приписать апостолу.
Швейцер открыл, что чудеса, о которых повествует четвертое евангелие, распадаются на два различных класса: не говоря о мнимых чудесах, которых нельзя считать настоящими, одна группа чудес, при всей своей таинственности и непонятности, допускает мысль о вмешательстве физической или психической силы. Например, в том, что Иисус увидел Нафанаила под смоковницей, Швейцер не находит ничего сверхъестественного; то, что он отгадал образ жизни самарянки, по мнению Швейцера, тоже можно объяснить знанием человеческого характера вообще и осведомленностью относительно ее образа жизни в частности; больной, пришедший к купальне Вифезда, мог быть паралитиком «бесноватым», которого Иоанн не называет настоящим именем ради своих греческих читателей, а относительно «одержимых бесом» даже и критика допускает возможность психического исцеления; наконец, возможно также естественное исцеление слепорожденных. Что же касается рассказов евангелия о том, что Иисус превратил воду в вино, приумножил запас хлебов, излечил больного, находившегося в Капернауме, при помощи единого слова, сказанного в Кане, и ходил по водам озера Галилейского, то Швейцер признает, что в таких «магических», противоестественных чудесах уже немыслимо участие естественных сил, однако вместо того чтобы сказать, что эти чудеса невероятны, он заявляет, что «конципиент»