После школы Хафнер изучал право и поступил на государственную службу, в Верховный апелляционный суд Пруссии. Он уволился оттуда после 1933 года в знак протеста против бойкота евреев в госучреждениях нацистской Германии. До середины 1936 года работал консультантом в судах, часто замещал адвокатов. В это время он познакомился со своей будущей женой Эрикой Ландри, еврейкой. С лета 1936 года Хафнер начал заниматься журналистикой. Он довольно долго вынашивал мысли об эмиграции, пока наконец в августе 1938 года не уехал в Англию, где его уже ждала Эрика Ландри. Здесь он написал свою первую книгу на английском языке: «Germany: Jekyll and Hyde» («Германия: Джекил и Хайд»). В британских политических кругах весьма высоко оценили его анализ внутригерманской ситуации. После этого он начал сотрудничать с немецкой эмигрантской газетой «Die Zeitung», покуда в 1942 году не перешел на работу в «Observer». Несмотря на уважение, которым пользовался Хафнер в Англии, он, как немец, все же не избежал длительного интернирования в начале войны. Под руководством своего друга и наставника в журналистике Дэвида Астора Хафнер проработал в «Observer» девятнадцать лет. Время от времени ему случалось замещать Астора на посту главного редактора. С 1948 года Астор становится издателем и владельцем «Observer». В его газете печатались Джордж Оруэлл и (из песни слова не выкинешь) Ким Филби. С этого же времени у Хафнера и Астора начинаются разногласия, связанные с германским вопросом. С 1954 года Хафнер живет в Западном Берлине и работает корреспондентом «Observer» в Германии. После строительства Берлинской стены в 1963 году Хафнер покидает «Observer». С 1962 по 1975 год работает в «Die Welt». С 1975-го — колумнист в «Stem». В журнале «konkret» ведет рубрику «Ежемесячные чтения». В 1968 году Хафнер занял сочувственную по отношению к бунтующим студентам позицию. Хафнер был постоянным гостем радио и телепередач «Internationaler Frühschoppen» («Международные утренние посиделки») Вернера Хефера. Кроме того, у него была собственная аналитическая телепрограмма на SFB.
Хафнер был одним из самых успешных авторов исторической литературы для широкого читателя. Он был одним из самых значительных и в то же время вызывающих наибольшие споры немецких публицистов послевоенного времени. Его главными болезненными темами были: Гитлер и прусская история: неродственность Гитлера Германии, родство Гитлера с европейской революцией, но никак не с прусской традицией. Он умел делать понятными для самой широкой публики сложнейшие исторические проблемы и в то же время никогда не опускался до обыкновенного популяризаторства. Его книги всегда отличались острым анализом и неожиданным парадоксальным подходом к самым известным историческим событиям. В политическим отношении его довольно трудно привязать к сколько-нибудь определенному партийному и идеологическому направлению, одно в нем было постоянно — антифашизм. В пятидесятые годы он был скорее консерватором с сильным антикоммунистическим акцентом. В шестидесятые приближался к левому спектру общественных движений, от каковых снова начал дистанцироваться в конце жизни.