Межигорский монастырь получал богатые дары из Сечи, а сам регулярно поставлял в Сечь иеромонахов и попов. Причем казаки сами решали, кого из священнослужителей оставить, а кого вернуть в монастырь. Нередки случаи и выбора попов из среды казаков.
Но вот Киевская митрополия перешла под юрисдикцию Московского патриархата. Польстившись на богатства запорожцев, киевский владыка Гедеон (Четвертинский) в 1686 г. изъял запорожские приходы из подчинения Межигорскому монастырю, и храмы запорожцев вновь перешли под омофор столичного митрополита.
1686 год – это время перехода западнорусских епархий под омофор Московского первосвятителя, и Киевский владыка воспользовался возникшей путаницей и взял Запорожье под свой контроль. Так или иначе, но Межигорский игумен был вынужден отозвать свою братию из Запорожской Сечи, что вызвало бурю негодования со стороны казаков. В том же году они писали, что не желают порывать с Межигорьем и что будут делать все возможное для защиты своих прав. К тому же казаки ссылались на вполне каноническое положение, что Киевский святитель не может управлять церковной жизнью в Запорожье, поскольку эти земли находились вне границ Киевской епархии.
Конфликт кончился тем, что узнавший о действиях Киевского владыки патриарх Московский Иоаким 5 марта 1688 г. издал грамоту, которая подтверждала ставропигиальный статус[26] Межигорского монастыря и под клятвой запрещал местным духовным и мирским властям вмешиваться в отношения Межигорья и Запорожья, которое в свою очередь навсегда признавалось патриархом парафией этого монастыря.
Таким образом, к началу XVII века на Запорожье сложилась оригинальная церковно-административная система. Во главе ее формально стоял русский патриарх, а фактически – Запорожский кош.
Косвенным подтверждением происхождения донских казаков от новгородских и вятских ушкуйников служит близость их церковных обрядов.
«В церковном управлении новгородцы до XVI в. обособлялись от московских митрополитов, а потом патриархов; высшее и низшее духовенство избирали на вече, без согласия Москвы. Новгородцы также не приняли греческих строгих церковных уставов, а продолжали сохранять свой народно-вечевой суд над духовенством по своему древнему народному праву. Считая себя по культурности выше других народностей, в том числе и греков, они принимали христианство с большой осторожностью и упорством, а принявши, оставили много обычаев и обрядов из своего древнего языческого культа. Так, например, при обряде церковной свадьбы священник должен ехать впереди с крестом в облачении, а жених сзади с волхвом (знахарем, колдуном). Этот обычай был запрещен духовным собором в 1667 году.