Переехав в 1872 году из Хакодатэ в Токио, уже архимандрит Николай начал строительство Православной миссии на арендованном участке земли недалеко от императорского дворца. В 1875 году была открыта Токийская православная семинария с программой обучения, аналогичной русским семинариям, но предусматривавшей постепенный переход преподавания на японский язык и исключавшей изучение классических мертвых языков. В 1884 году началось строительство собора в честь Воскресения Христова, через семь лет ставшего центром церковной жизни для 18 тысяч японских православных и прозванного ими в честь основателя «Николай-до», а в японском произношении — «Никорай-до», то есть «дом, собор Николая»[38]Буквально: «Дом Николая». Звук «л» японцы произносят очень близко к «р» (Подробнее об истории собора и православия в Японии см.: Саблина Э. Б. 150 лет православия в Японии: История Японской православной церкви и ее основатель архиепископ Николай. М.; СПб., 2006).
Храм возвели в нескольких десятках шагов от семинарии, здания которой, в том числе два общежития для учеников, расположившиеся в деревянных домиках в традиционном японском стиле, были выстроены еще раньше. На учебу принимались молодые японцы в возрасте от четырнадцати до шестидесяти лет. Со временем, чтобы выпускники, не окончившие установленных семи лет обучения (до 1910 года), не попадали на военную службу (призывным возрастом в Японии был тогда 21 год), в классы стали принимать и подростков тринадцати лет. Преподавание велось на японском языке, хотя поначалу из-за отсутствия переводов богослужебных книг использовался и русский. Но ко времени, когда сюда приехал Вася Ощепков, уже все предметы без исключения читались на японском, при этом русский язык продолжали преподавать. Преподавателями работали бывшие выпускники семинарии, среди которых особое место занимал Сэнума Какусабуро, в крещении Иоанн (Иван Акимович). Для управления духовным учебным заведением был создан совет преподавателей, который руководил его учебно-методической и хозяйственной деятельностью и предоставлял отчеты о своей работе главе миссии. К нему же каждый день являлся с докладом и ректор, в результате чего владыка Николай, как правило, был полностью в курсе всего происходящего в семинарии и хорошо знал способности и недостатки каждого ученика на протяжении всех трех с лишним десятков лет своего руководства необычной «школой на Суругадае».
Порядок в семинарии был установлен почти военный, что вполне согласовывалось с теми условиями, в которых существовало большинство японских школ того времени, а семинария обязана была следовать правилам местного министерства образования. Учебный процесс и внеклассное время даже в самых обычных школах и колледжах жестко контролировались министерством образования Японии с четким пониманием того, что именно в школах готовились кадры для бурно развивающейся и чрезвычайно воинственной державы. Япония, готовившаяся стать настоящей империей, планирующая, а затем и ведущая вполне успешные захватнические войны, была заинтересована в большом количестве дисциплинированных, правильно обученных и выносливых солдат и «тружеников тыла». Система образования была организована как странный, на наш взгляд, симбиоз традиционных самурайских школ и прусских учебных заведений, замешенный на духовной основе так называемого «государственного синто». Однако в этой системе присутствовали и разумные, рациональные начала, и не случайно поэтому во всех японских школах — и семинария не была здесь исключением — особое внимание уделялось дисциплине, гимнастике, развитию выносливости и закаливанию учеников. Более того, семинаристы даже выделялись по этому показателю среди японских однокашников. В каникулы они отправлялись организованным порядком отдыхать к морю или на специально для них построенную в европейском стиле дачу в местечке Тоносава у подножия горы Фудзи, где всегда производили приятное впечатление на местных жителей. 15 (28) августа 1903 года, например, владыка записал в своем дневнике: «Прибыли сегодня и ученики, которых я отправил на каникулы в Босю, все с здоровым видом, загоревшие и бодрые… Вели себя ученики так добропорядочно, что заслужили похвалу в местной газете: “Много-де нынче собралось проводить время жаров в Босю, но всех лучше и благороднее ведут себя духовные воспитанники с Суругадай”»