Той же весной он отправляется в объезд по укреплённым местам, стоящим на страже южных украйн, посещает Козельск, Болхов, Белев, чтобы лично проверить надёжность им же придуманной и возведённой линии крепостей, а вместе с собой повелевает следовать воеводам и старшим из служилых людей, может быть, для того, чтобы не оставлять их без присмотра в Москве и заодно приучать к добросовестному несению службы, поскольку именно многим из них предстоит служить по этим укреплённым местам. В Болхове он делает остановку, с пристальным вниманием осматривает места недавних боёв и проводит расследование. Его тревожит вопрос, отчего Щенятев скрылся в монастыре? Не произошло ли под Болховом чего-нибудь большего, чем обыкновенная свара за место? Не преднамеренная ли это крамола? Не замышлял ли Щенятев пропустить татар на Москву? Видимо, ему что-то удаётся установить. Воротившись, он вызывает Щенятева из монастыря. Боярина допрашивают, во время допросов пытают. Неизвестно, какие показания давал воевода, обрекавший Болхов на сдачу. Известно, что его возвращаются всё-таки в монастырь и что вскоре он умирает, возможно вследствие пыток.
Южные украйны беспокоят Иоанна куда больше литовских украйн не только потому, что Смоленск и Великие Луки на какое-то время защищены чёрным бедствием мора. Литовская сторона сама затевает переговоры о мире, на этот раз исходя из более веских причин, чем отступление перед заразой. Чтобы пощупать, готовы ли почвы в Москве для начала переговоров, от епископов и панов радных к митрополиту приходит гонец. И прежде к митрополиту Макарию такого рода непохвальных гонцов перестали пускать, тем более не допускают гонца к Афанасию, человеку в политике невесомому, молчаливо согласному взять на себя Божье, а кесарево оставить на усмотрение Иоанна. Гонца допускают только к думным боярам. Думные бояре отвечают согласием о мире сноситься и военные действия остановить. Опасную грамоту для представительного посольства отправляют с Желнинским, однако наказ гонцу даёт сам царь и великий князь:
— Если спросят про Андрея Курбского, для чего он от государя побежал, то отвечать: государь было его пожаловал великим жалованьем, и он стал делать государю изменные дела, государь хотел было его понаказать, а он государю изменил, но это не диво, езжали из государства и не в Курбского версту, да и те изменники государству Московскому не сделали ничего. Божиим милосердием и государя нашего здоровьем Московское государство не без людей, Курбский государю нашему изменил, собакою потёк, собацки и пропадёт. А если спросят о дерптских немцах, для чего их царь из Дерпта велел перевести в московские города, отвечать: перевести немцев государь велел для того, что они ссылались с магистром ливонским, велели ему прийти под их город со многими людьми и хотели государю изменить. Если спросят: зимою государь ваш куда ездил из Москвы и опалу на многих людей для чего клал, отвечать: государь зимой был в слободе и положил опалу на бояр и дворян, которые ему изменные великие дела делали, и за великие измены велел их казнить.