Двадцать второго марта, увиди на богослужении в Успенском соборе царя и его воинов в облачении иноков, вместо привычных раззолоченных царских одежд, собольих шапок и разноцветных кафтанов, Филипп не выдерживает взятого на себя обета молчания в присутствии государя, которым публично осуждает его, и во время службы обращается к нему с прямым обличением:
— Царь благой, кому поревновал ты, приняв на себя такой вид и изменив своё благолепие? Убойся суда Божия: на других закон ты налагаешь, а сам нарушаешь его.
Формально митрополит более чем прав. В те времена внешней, обрядовой стороне придаётся первостепенное, порой решающее значение, нередко в ущерб тому делу, ради которого затеян обряд. Царь и великий князь неожиданно нарушает бережно хранимые ритуалы, расписанные веками до последней застёжки, однако нетерпеливый Филипп, не находя нужным келейно расспросить Иоанна, что означает этот новый обряд, одёргивает царя и великого князя прямо во время богослужения, хотя мог бы и должен был повременить, как мог бы и должен был принять во внимание, что подчёркнуто скромный, почти монашеский, чёрный кафтан скорее означает смирение перед Богом, чем высокомерие или гордыню. Иоанн сознательно нарушает старинный обряд, сознательно подчёркивает своим чёрным кафтаном и чёрными кафтанами телохранителей, что он и его новое войско служат не греху и пороку, но Богу. Филипп не понимает намёка и, видимо, неспособен понять. Должно быть, махнув на него рукой, Иоанн удаляется, с угрозой предупредив:
— Филипп! Не прекословь державе нашей, да не постигнет тебя мой гнев.
Два дня спустя, двадцать четвёртого марта, во время богослужения по чину святого Захарии в том же Успенском соборе, Иоанн приближается к митрополичьему месту и молча, смиренно, как подобает послушному прихожанину, ожидает благословения. Митрополиту достойно так же смиренно, с чувством христианского всепрощения и братской любви благословить принародно склонившего главу царя и великого князя во имя утверждения всеобщего мира в державе, ведь творится моление именно о всепрощении и благости мира, но, по-видимому, Филипп окончательно теряет чувство реальности. Однажды вступившись за своего родственника, сосланного на службу в Коломну, однажды пойдя у него на поводу и ополчившись против опричнины, которая не причинила ни Ивану Петровичу, ни самому Филиппу никакого вреда, он уже неспособен представить роковые последствия противостояния церкви и власти и отказывает царю и великому князю в благословении, чем, вольно или невольно, ставит вне закона защитника православия, победителя Казани и Полоцка, Нарвы и Юрьева, возжигает на него огонь мятежа. Он делает вид, что упорно взирает на образ Спасителя, точно в молитвенном экстазе отрешился от грешного мира и забыл свои обязанности в общении с Богом. Иоанн продолжает молча, смиренно стоять перед ним. Кто-то из приближённых митрополита или царя осторожно напоминает ему: