В присутствии царя и великого князя они возмущаются безобразным поступком первосвященника, отказавшего в благословении государю, уверяют, что единственно суд, составленный из всех епископов, игуменов и архимандритов, может и должен положить конец такому неслыханному бесчинству позабывшего свой прямой долг духовного пастыря, и предлагают направить в Соловецкий монастырь представительное следствие, чтобы установить, была ли жизнь Филиппа такой же безнравственной, какой она оказалась нынче в Москве. Затем, для верности исполнения своих далёких от благообразия замыслов, заговорщики заходят и с другой стороны, а именно: в присутствии митрополита, нарочно толкая его на необдуманные поступки и обличения, те же лица возмущаются Иоанном, который, видите ли, замыслил судить Филиппа церковным судом, точно тот разбойник и тать, для чего отправляет следствие на Соловки, вероятно, надеясь, что слишком горячий, слишком упрямый, впавший в грех гордыни Филипп либо устроит царю и великому князю новую безобразную сцену, которая окончательно погубит его, либо, сообразив, какая гроза собирается на него, доброй волей очистит митрополичий престол, сообразуясь с народной мудростью: «Отойди от зла. Сотвори благо». Филипп же, упрямый и страстный, далёкий от мудрости, на эти речи отвечает непримиримо, воинственно, с недостойной гордыней:
— Вижу, что готовится мне кончина, но знаете ли, почему меня хотят изгнать отсюда и возбуждают против меня государя? Потому что не льстил я перед ними. Впрочем, что бы там ни было, не перестану говорить истину, да не тщетно ношу сан святительский.
Другими словами, прямо даёт всем понять, что и впредь откажет в благословении царю и великому князю во имя, разумеется, истины, если царь и великий князь не вернёт свою милость конюшему Фёдорову, уличённому в государственном преступлении, а заодно не отменит опричнины с её новой организацией войска, о чём злорадные заговорщики охотно и своевременно доводят до сведения царя и великого князя. Собственно, умному Иоанну, государю предусмотрительному и терпеливому, никакие доказательства не нужны, чтобы запутавшийся в родственных и внутрицерковных интригах Филипп предстал перед открытым церковным судом. В поместительных сундуках его исполнительных дьяков хранится целый ворох челобитных грамот от многих землепашцев, звероловов и рыбарей, в которых достаточно ярко расписаны злоупотребления и беззакония соловецких приказчиков, руководимых соловецким игуменом. Как свои пять пальцев изучил он и тёмную монастырскую жизнь, которая давно утратила благочестие первоначального христианства и вызывает непримиримое отвращение в его богомольной душе. Вот что он пишет об этой жизни спустя несколько лет в послании Кириллову Белозерскому монастырю: