Иоанн тоже не в состоянии отказаться от того заповеданного Писанием принципа, что государь обязан миловать добрых и наказывать злых. По его убеждению, более полугода Филипп сеет злейшее зло, возбуждая смиренную паству против своего государя, тогда как обязан сеять добро и не озлоблять, а умиротворять сердца непросвещённых и тёмных. Следовательно, Филиппа надлежит свести с первосвятительского престола, в необходимости этого для государства полезного шага у Иоанна не остаётся сомнений. И всё-таки пока что и для безропотной паствы, и для Филиппа, и для него самого было бы полезней и легче, если бы Филипп доброй волей оставил престол. Как всегда в критических обстоятельствах, Иоанн пробует действовать устрашением. В течение августа погибает ещё около сотни служилых людей, которые сидят по поместьям, расположенным главным образом в вотчинах конюшего Фёдорова. Едва совершается это новое душегубство и составляется новый поминальный листок, с Соловков возвращаются Пафнутий и Темкин, которые доставляют игумена Паисия и несколько старцев, готовых дать показания против Филиппа на церковном суде. Предварительно ознакомившись с результатами розыска, Иоанн направляет послание новгородскому архиепископу Пимену, как первому человеку в церковной иерархии после митрополита, которым призывает его без промедления явиться в Москву. В сентябре он отправляет, подальше от греха, Владимира Старицкого с его после обмена уделов заметно поредевшим удельным полком в Нижний Новгород, на охрану юго-восточных украйн, которым угрожают татары и турки. В те же дни разорённого, лишённого едва ли не всех его вооружённых людей в Москву доставляют конюшего Фёдорова. Для суда над главой заговорщиков Иоанн собирает земскую Боярскую думу, опричных и земских думных дворян и предъявляет почтенному Ивану Петровичу обвинение в заговоре, целью которого был арест законного государя и выдача его враждебному королю. Позднее немец Шлихтинг, сперва служивший Москве, но после благополучно перебежавший в Литву за большими деньгами, сочинит безобразную сцену, которой не был и не мог быть очевидцем. Он преднамеренно не упоминает никакого суда, зато описывает зверскую и бессмысленную расправу Иоанна над абсолютно безвинным, понятное дело, конюшим. Ещё более понятно, что бессовестный перебежчик именует себя очевидцем, хотя, будучи иноземцем, из мелких сошек к тому же, не мог быть допущен на суд думных бояр и думных дворян, Боярская дума твёрже камня стоит на страже векового обычая, вполне вероятно, что злоумышленный клеветник о состоявшемся суде даже не знал. Тем не менее его подкупленная фантазия едва ли в чём-нибудь уступает озлобленной фантазии беглого князя. В его изложении сцена происходит такая. Будто бы, не прибегая ни к какому суду, Иоанн в присутствии множества князей и бояр сбрасывает с себя царское одеяние, которое в действительности уже заменил чёрным опричным кафтаном, чуть не до бешенства доводившим митрополита, и повелевает конюшему Фёдорову надеть на себя мантию и венец, стало быть, стоя перед всем честным народом в исподнем, сажает его на царский престол, вручает державу, низко склоняется перед ним и ёрничает, унижая свой сан, которым дорожит пуще глаза: