Таким образом, за последние пять лет, прошедшие после кончины митрополита Макария, уже в третий раз предстоит избрать главу русской церкви. В третий раз все права на первосвятительский престол по-прежнему имеет только новгородский архиепископ Пимен, после митрополита второе лицо и неизбежный преемник его, на что, видимо, Пимен рассчитывает, таким очевидным усердием удаляя Филиппа, и уже в третий раз Иоанн обходит его назначением. Одиннадцатого ноября 1568 года тем же освящённым собором, который низводит Филиппа, на его место поставляется архимандрит Троицкого Сергиева монастыря Кирилл, человек небойкий, смиренный, на долю которого выпадают тяжкие испытания, связанные с прямой угрозой Московскому царству и всему православию.
Испытания ещё впереди, а пока начинает казаться, что, предав конюшего Фёдорова в руки суда думных бояр, истребив самых преданных главе заговорщиков сотников и воевод, избавившись от грубых и непристойных обличений Филиппа и получив в качестве первосвятителя благодушного и молчаливого троицкого архимандрита Кирилла, Иоанн может перевести дух. В самом деле, военные действия нигде не ведутся, даже крымские татары заметно остыли, всюду натыкаясь на цепь умело поставленных им крепостей, с трудом одолеваемых или вовсе неодолимых для беспорядочно скачущей и гомонящей конной орды. Подручные князья и бояре тоже притихают на время, наконец ощутив, насколько оставленные им полки малоприметны в сравнении с постоянно растущей мощью опричного войска, насколько бессильны они без активной поддержки короля Сигизмунда и крымского хана. Вздохнув с облегчением, Иоанн продолжает кропотливо обустраивать особный двор как своё любимое детище. Поистине, его преобладающей страстью становятся крепостные сооружения на всех открытых украйнах Московского царства. Одна за другой прибавляются крепости за Окой, возведено несколько крепостей, призванных защитить отвоёванный Полоцк, превращён в неприступную крепость его новый дворец на Воздвиженке, начато строительство мощной крепости в Вологде, теперь он принимается превращать в крепость Александрову слободу, в которой проводит всё больше времени, не столько отдыхая от тяжких трудов управления, сколько размышляя вдали от столичного шума, придворных интриг, общего пьянства, блуда, прелюбодеяний, лихоимства и грабежей, противных его благочестивой душе. Здесь он следит за возведением укреплений, палат, церквей, торговых рядов. Здесь рождаются хитросплетения его дипломатических предприятий. Здесь он чувствует себя дома, всё реже посещает Москву и живёт в ней как гость. В особный дом включается Переславль, близко стоящий к Александровой слободе, это старинное владение московских великих князей, в котором расположены большей частью вотчины московских бояр, а удельных княжеских вотчин так мало, что оказывается некого переселять во владения земщины. За Переславлем в особный двор следуют старинные русские города на большой торговой дороге на Вологду, что добросовестно отмечено летописцем: