Однако к февралю 1919 г. объединенные силы таллинского правительства Эстонии и русских белогвардейских войск Юденича вытеснили советские войска с эстонской территории и перенесли военные действия в пределы РСФСР. Эстляндская Трудовая Коммуна прекратила существование. 19 мая 1919 г. Учредительное собрание Эстонии узаконило создание независимой Эстонской Республики во главе с коалиционным правительством буржуазных и социал-демократических партий.
Неудачи под Петроградом летом и осенью 1919 г. действовавшей совместно с эстонскими войсками армии Юденича, а также унитаристские настроения самого генерала привели к изменению позиции эстонского правительства. В Юрьеве (Тарту) начались советско-эстонские переговоры, завершившиеся подписанием 2 февраля 1920 г. мирного договора между РСФСР и Эстонской Республикой. РСФСР, исходя из "права всех народов на свободное самоопределение вплоть до полного отделения от государства, в состав которого они входят", признала независимость и самостоятельность Эстонского государства и отказалась "добровольно и на вечные времена от всяких суверенных прав, кои принадлежали России в отношении к эстонскому народу и земле в силу существовавшего правового порядка, а равно на основании международных договоров, которые в указанном здесь смысле теряют силу на будущие времена. Из прежней принадлежности к России для эстонского народа и земли не возникает никаких обязательств по отношению к России".
Государственная граница между РСФСР и Эстонией устанавливалась таким образом, что к Эстонии перешел восточный берег реки Нарвы и значительная часть Псковского уезда, включая Печоры и Изборск. Данная граница в основном совпадала с линией советско-эстонского фронта на начало 1920 г. и проходила восточнее той линии, которая была в свое время определена Брест-Литовским договором в качестве восточной границы Эстляндии и Лифляндии.
Советско-эстонский договор 1920 г. содержал также статьи о демилитаризации приграничных районов, о безвозмездном отказе РСФСР от прав на бывшее российское имущество на эстонской территории, о выдаче Эстонии золотого запаса в 15 млн. рублей, о возврате в Эстонию культурных ценностей, освобождении Эстонии от ответственности за долговые обязательства России. Эстония, со своей стороны, должна была разоружить русские белогвардейские части, находившиеся на ее территории, и не допускать использования эстонской территории для враждебных действий против РСФСР. Тем самым Таллин дал обязательство ликвидировать базы Юденича на эстонской территории, чего главным образом и добивалась советская сторона, стремясь устранить военную угрозу для Петрограда с эстонской территории.