Работу войсковых писарей на первых порах выполняли Иван Прокофьев Посохов и Иван Гаврилов Телятьев. Их помощниками были Захар Козьмин и Иван Иванов Южак. Летом 1651 г. Францбеков официально назначил войсковым подьячим Богдана Кузьмина Габышева, прибывшего к Хабарову вместе с отрядом Чечигина. Габышев должен был привести в порядок все войсковое делопроизводство, в том числе ясачные и таможенные книги, а затем вернуться с документацией в Якутск к Францбекову. Тогда же среди амурских казаков появилось еще несколько грамотных людей — Михаил Агафонов Свечник, Дмитрий Микитин, Алексей, Иван, Михаил Яковлевы, которые в случае необходимости могли привлекаться к ведению документации.
Круг обязанностей служилых и охочих казаков хабаровского войска был одинаков: присоединять новые земли, призывать в российское подданство не обложенное ясаком местное население, в подходящих местах строить остроги и зимовья, при необходимости делать и чинить речные суда, лодки, барки, выполнять функции гребцов, а в иных местах — и бурлаков, оборонять население, принявшее российское подданство, собирать с него ясак, охранять и доставлять ясачную казну и официальную переписку, присматривать удобные под пашню земли и начинать их освоение, разыскивать полезные ископаемые и т. д. Выполняя такие обязанности, любой из участников экспедиции Хабарова имел полное право сказать: «А таких, государь, служеб нет, которые бы мы не служили!»
Широкие права и обязанности имел и Ерофей Павлович. Он был первым приказным человеком Даурии. В его ведении находилась громадная территория, включающая водоразделы Олекмы и Амура, а также сам Амур, начиная от впадения в него реки Урки и кончая его устьем.
На вновь присоединенной земле Хабаров был вправе собирать ясак, осуществлять таможенный досмотр и сбор таможенной пошлины, а также следить за соблюдением общесибирского порядка, запрещавшего торговым и промышленным людям скупать пушнину у местных жителей до внесения ими в казну ясака. Хабаров мог конфисковывать незаконно приобретенную пушнину, а самих нарушителей высылать под стражей или «с крепкими поруками» в Якутск для дальнейшего дознания. Следил Хабаров за исправным внесением в казну десятой пошлины со всей добытой пушнины и за ведением соответствующей документации.
Как глава экспедиции Ерофей Павлович нес полную ответственность за жизнь и действия участников похода. Он распределял между ними служебные поручения: постройку острожков, зимовий, судов, сбор ясака. В небольших исковых делах и спорах он был их судьей. Хабаров должен был следить за порядком в войске, бороться с неблаговидными поступками своих полчан, «от всякого дурна их унимать», а за непослушание и дерзость, которые в то время назывались «воровством и озорничеством», «чинить наказание и расправу, смотря по вине».