Военная Коллегия не могла допустить старого казацкого самоуправления и старалась ввести их в общую систему государственного управления. Казаки протестовали: «Не было сего у наших дедов и отцов», — говорили они, — «не бывать и у нас». Они упорно отказывались следовать указаниям Военной Коллегии, «дабы и впредь не повадно было».
В 1722 году Петр I командировал на Яик полковника Захарова с поручением произвести казакам перепись. Казаки возмутились сожгли свой городок и решили уйти в киргизскую степь, но были усмирены. Выборный войсковой атаман Меркурьев, оказавший при этом услуги правительству, помимо воли войска, был назначен пожизненным войсковым атаманом. Казаки были переписаны, причем их оказалось 5,771 муж.
Ставленник московского правительства, атаман Меркурьев, злоупотреблял своей властью. Казачество разбилось на две партии — «послушных» и «непослушных» казаков, составлявших «войсковую» и «старшинскую» партии. Непослушные казаки вели борьбу с атаманом и жаловались на него в Москву. Московские чиновники поддерживали атамана и его партию. Наконец, атаман проворовался и в 1737 г. был уволен со службы, но право выбирать атамана было-навсегда отнято у Яицкого войска. Они могли избрать лишь трех кандидатов, из которых один утверждался правительством.
В 1744 году, как мы сказали, Яицкое войско вошло в состав Оренбургской губ. Войску было поручено охранять Нижне-Яицкую линию. Насчитывая в своих рядах около 3000 бойцов, казаки держали кордоны на протяжении 700 верст, что требовало огромного напряжения сил. Правительство решило усилить их одним драгунским полком, но казаки не согласились, опасаясь, что новые поселенцы нанесут ущерб их рыболовству. Они просили оставить их на прежних основаниях и сдать им за особую арендную плату учуг, устроенный в низовьях реки Яика частными рыбопромышленниками. Правительство уважило их просьбу.
Неплюев ценил казаков, как военную силу и чрезвычайно осторожно относился к их обычаям, религиозным убеждениям и формам внутреннего самоуправления. Он ввел в войске штаты чиновников и упорядочил военную организацию, разделив их на полки, сотни и десятки и установил очередь отбывания службы. В войске продолжал существовать Войсковой Круг, но власть его была ограничена: он рассматривал только хозяйственные дела. Для дел судебных был учрежден Войсковой Суд. На неправильные действия суда и администрации казакам было предоставлено право приносить жалобы Оренбургскому губернатору.
Еще предшественники Неплюева стремились возможно больше усилить местных казаков, так как по своим качествам они являлись наиболее надежными сторожами русских границ. Против быстрых и отважных казак-киргизов регулярные войска были мало пригодны и только казаки, служившие о дву-конь, были их страшными противниками.