Навстречу усопшему двинулось из Нового Иерусалима все духовенство с иконами, крестами и хоругвями и пело «Христос Воскресе!». Приблизившись ко гробу, они приняли его и на головах своих понесли в церковь.
После соборне отслуженной обедни, причем, по установленному Никоном правилу, соблюдающемуся поныне, пелось «Христос Воскресе!» – Никона облекли в патриаршую одежду и переложили в каменный гроб. Перенесение в другой гроб совершал сам царь; отпевали его как патриарха, причем царь читал сам апостол и кафизму.
После погребальной службы, когда нужно было проститься с усопшим, государь подошел к нему и, целуя ему руку, громко рыдал и просил у него прощения, почему раньше не возвратил его.
В церкви все рыдали, прощаясь с Никоном.
Несмотря на теплое сентябрьское время, он лежал в гробу, не издавая никакого запаха; а патриаршая одежда, при седой огромной его бороде, давала ему особенно величественный вид и напоминала святого митрополита Филиппа.
Когда все простились с ним и хотели уж закрыть гроб, появилась сгорбленная старушка-черница и, протолкавшись, взошла на подмостки и припала к руке покойника.
Долго она стояла в таком положении, но вот пошатнулась, упала с подмостков.
Придворные боярыни и царевны, стоявшие по левой стороне церкви, за занавесом, бросились подымать ее – она была мертва.
Царевна Татьяна, подымавшая ее, вглядевшись в ее лицо, вскрикнула.
– Мама Натя…
Погребли Никона на Голгофе же, на южной стороне, внизу, на том месте придела, где в Иерусалимском храме указывают прах Малхиседека.
После похорон государь снесся с восточными патриархами, и они признали низложение его неправильным и в грамотах писали: «Патриарх Никон столп благочестия, непоколебимый, и божественных и священных канонов сберегатель присноискуснейший, и отческих догматов, и повелений, и преданий неизреченный ревнитель и заступник достойнейший».
Прошло с небольшим полгода со дня смерти Никона, как царь Федор Алексеевич в Светлое воскресенье (16 апреля 1682 г.), бывши веселым и совсем здоровым, вдруг захворал, и 27 апреля вечером его не стало.
Остались его наследниками слабый душой брат его Иван и малолетний Петр.
Правление государством приняла энергичная, мужественная и умная царевна Софья.
Получив власть, она исполнила обет свой: она соорудила церковь Богоявления.
В ските, в келье Никона, висит современный ему портрет его, с надписью посетившего эту келью, в Бозе почившего царя-освободителя. Надпись собственноручная и гласит: «Александр, 30 мая 1837 года».
Что думал едва двадцатилетний наследник престола в этом священном месте: думал ли он о печальной участи великого человека, или тогда уже явилась у него мысль быть последователем Никона и освободить крестьян, или же он сетовал о многострадальной его жизни, или он предчувствовал тогда, что и он будет тоже великомучеником людской злобы и неблагодарности?.. Надпись его над портретом свидетельствует о сочувствии его к Никону, а жизнь его и деяния святителя были ему вполне известны, так как он был отличный знаток истории своего народа.