Последние слова не ответствуют всей смиренной речи Никона, а князь Трубецкой явно прибавил их от себя, чтобы окончательно убедить царя, что Никон навсегда отказывается от патриаршества вообще, между тем как тот говорил лишь о московской кафедре.
Согласно этому показанию, царь передал патриаршую кафедру блюсти митрополиту Питириму, а в Монастырский приказ назначил своих бояр.
Через несколько дней Никон написал царю письмо, дышавшее смирением: в нем просил извинения за поспешный свой отъезд, который он объяснял своею болезнью.
Несколько дней спустя явился к Никону Иван Михайлович Милославский, племянник царицы, и от имени царя объявил ему, что Борис Иванович Морозов сильно болеет и, если патриарх имеет на него какую-нибудь досаду, чтобы простил ему.
Никон собственноручно отвечал царю письмом:
«Мы никакой досады от Бориса Ивановича не видали, кроме любви и милости, а хотя бы что-нибудь и было, то мы Христовы подражатели, и его Господь Бог простит, если какой человек в чем-нибудь виноват пред ним. Мы теперь оскудели всем, и потому молим твою кротость пожаловать что-нибудь на созидание храма Христова воскресения и нам бедным на пропитание».
Но его кротость ничего не прислал, и с первых же дней своего приезда в Новый Иерусалим» Никон увидел себя в затруднительном положении.
Бояре же не дремали: они ежедневно наговаривали на патриарха, и царь дал ему через стольника Матюшкина, своего родственника, знать, что в Москве осталось еще только два человека, жалеющих его, – это он, царь, и князь Юрий Долгорукий.
Спустя еще некоторое время бояре настояли арестовать и имущество и бумаги Никона, оставшиеся в Москве.
При обыске, который совершал князь Трубецкой, найдены письма не только царя к нему, но и письма царицы, царевен и многих бояр. Переписка эта не понравилась царю и, как видно, склонила его на сторону бояр – иначе нельзя объяснить поступка его: все ценные вещи патриарха, полученные им в дар от различных лиц, он конфисковал в свою пользу, и несколько вотчин, приписанных к Новому Иерусалиму, было отобрано от него.
Сделано еще одно распоряжение: после отъезда из Москвы Никона масса народа из Москвы отправлялась в Новый Иерусалим повидать и поклониться своему святителю. Поэтому вышло запрещение всяким чинам посещать монастырь: это лишило Никона окончательно всех средств не только к сооружению храма, но и к существованию обители.
Это же и вызвало со стороны Никона резкий протест на имя царя, так как он увидел, что дело его потеряно в Москве.
Нужно полагать, что со времени этого письма, в котором Никон укоряет Алексея Михайловича в своеволии и неправосудии, где, оправдываясь в том, что он писался великим государем, именует это название проклятым, – он, Никон, твердо решился повести с правительством царя открытую борьбу, чтобы отстоять права патриарший.