В первые часы после трагедии ни Япония, ни США не запрашивали почему-то Советский Союз о судьбе «Боинга», хотя его исчезновение с радаров и вызвало тревогу. На более поздние запросы советское командование отвечало, что ему ничего не известно о его судьбе. Однако система электронной разведки США вдоль нашей границы весьма совершенна, и уже через 5–6 часов вся доступная этой разведке информация была передана в центры военной власти США. Здесь была и запись разговоров летчиков-истребителей с наземными службами, включая приказ об уничтожении цели. Трудно предположить, что советское командование не знало о возможностях американской и японской систем прослушивания. Тем не менее было принято решение скрыть факт уничтожения советскими истребителями корейского авиалайнера.
Это решение было принято на экстренном заседании Политбюро, которое состоялось вечером 1 сентября. Андропов на этом заседании отсутствовал по болезни. Председательствовал Черненко. После довольно продолжительного обсуждения Политбюро одобрило текст сообщения ТАСС, который был опубликован 2 сентября. В этом сообщении говорилось: «В ночь с 31 августа на 1 сентября самолет неустановленной принадлежности вошел в воздушное пространство СССР над полуостровом Камчатка, а затем вторично нарушил воздушное пространство СССР над островом Сахалин. При этом самолет летел без аэронавигационных огней, на запросы не отвечал и в связь с радиодиспетчерской службой не вступал. Поднятые навстречу самолету-нарушителю истребители ПВО пытались оказать помощь в выводе его на ближайший аэродром. Однако самолет-нарушитель на подаваемые сигналы и предупреждения советских истребителей не реагировал и продолжал полет в сторону Японского моря».
Было огромной ошибкой стремление скрыть все или почти все известные советской стороне сведения о судьбе корейского авиалайнера и тем более отрицать факт его уничтожения советскими ракетами. К этому времени Госдепартамент США уже объявил на весь мир, что Советский Союз сбил гражданский корейский авиалайнер, на борту которого находились и десятки американских граждан. Началась беспрецедентная пропагандистская кампания, направленная против «жестокого и безжалостного советского руководства». 2 сентября состоялось новое заседание Политбюро, на котором были все его члены и кандидаты, кроме Алиева, Кунаева и Щербицкого. Вел заседание опять Черненко, который передал пожелание больного Андропова, чтобы «товарищи еще раз посоветовались по этому сложному вопросу». Политбюро заслушало информацию Д. Устинова о действиях военных в ночь на 1 сентября, а также информацию Председателя КГБ В. Чебрикова. Вес выступавшие соглашались, что действия ПВО и ВВС были совершенно законными, прямо предусмотренными уставами Советской армии. На этом основании Н. Тихонов заявил: «Если мы поступили правильно, законно, то надо прямо сказать, что мы сбили этот самолет». Однако А. Громыко предложил использовать другое выражение: «Мы должны сказать, что выстрелы были произведены». «Надо раскрывать истину поэтапно, — заявил В. Гришин. — Сейчас сообщить о расследовании, а затем сказать, что самолет был обстрелян». Именно эта туманная и лживая формула и была принята для советских средств массовой информации. Черненко подвел итоги и сказал, что он немедленно доложит о решении Политбюро Андропову