Согласно Указа Президента № 614 от 4 июля 2002 года «Вопросы обеспечения деятельности НСКС» функции по обеспечению управления НСКС, развития, использования и защиты информации были возложены на ДСТСЗИ.
Органам государственной власти и местного самоуправления, государственным предприятиям, учреждениям и организациям услуги конфиденциальной связи предоставляются согласно «Порядка предоставления услуг конфиденциальной связи органам государственной власти и органам местного самоуправления, государственным предприятиям, учреждениям и организациям», утвержденного постановлением Кабинета Министров № 1519 от 11 октября 2002 года.
С целью обеспечения развертывания и функционирования НСКС Указом Президента № 614 от 4 июля 2002 года и приказом ДСТСЗИ № 82 в январе 2003 года было создано Государственное предприятие «Украинские специальные системы» (далее — УСС).
Приказом ДСТСЗИ № 1 от 3 января 2003 года Генеральным директором УСС был назначен Барлабанов Валерий Владимирович.
9 января 2003 года УСС было официально зарегистрировано и начало свою деятельность с целью координации работ по выполнению Государственной программы создания, развития и обеспечения функционирования НСКС, которая утверждена постановлением Кабинета Министров № 1520 от 11 октября 2002 года.
Согласно распоряжения Кабинета Министров № 338-р от 11 июня 2003 года «О создании Специальной информационно-телекоммуникационной системы органов исполнительной власти» (далее — СИТС) началось развёртывание первой очереди НСКС — фрагмента стационарной компоненты передачи данных. Эта система создаётся на основе современных цифровых технологий связи с использованием волоконно-оптических линий, соединяющих защищенные абонентские пункты Кабинета Министров и органов исполнительной власти.
Первый этап построения НСКС позволил начать работы по внедрению интегрированной системы электронного документооборота органов исполнительной власти и интеграции их веб-сайтов Единого веб — портала центральных органов исполнительной власти, создать условия для использования 1Р-телефонии и системы видеоконференцсвязи. Структура СИТС создаётся с учетом мирового опыта создания подобных систем и представляет собой транспортную магистраль для обеспечения защищённого доступа к государственным информационным ресурсам.
В 2006 году СИТС была создана в Киеве. Её инфраструктура позволила обеспечить функционирование автоматизированных систем, в которых циркулирует информация, как с ограниченным доступом, так и открытая информация, которая является собственностью государства. Также был организован доступ к единому веб-порталу, предполагается развёртывание системы видеоконференцсвязи и ресурсов ЦАЗИ, Центра сертификации ключей и предоставления ряда других услуг.