Имея все доказательства невиновности Чумаченко и улики против настоящих убийц, сотрудники угрозыска никак не могли добиться освобождения из тюрьмы своего товарища.
Малышев вспоминает, как 30 декабря он с заместителем начальника УУР Анатолием Костиным решили ехать искать правду в Москве. Ночью они с позвонили прокурору города, сообщили об этом. Отправили в Москву телетайп дежурному Генеральной прокуратуры о намерении приехать. Полковники пробились на прием к Генеральному прокурору. Там им предложили написать заявление, как частным лицам. Если позиция УУР подтвердится - хорошо. А если нет - Костин и Малышев будут нести ответственность по закону. Правдоискатели без всяких сомнений написали эти заявления и в Петербург была направлена следственная бригада Генеральной прокуратуры, а из Министерства внутренних дел в Петербург приехал опытнейший сыщик из Главного Управления уголовного розыска Леонид Львович Маленков.
Следственная бригада работала скрупулезно. Допрашивались все, кто фигурировал в деле, и не раз. Постепенно, шаг за шагом приближалась истина и отвергалось то, что было шито белыми нитками. Оперативники настояли на проведении комиссионной экспертизы, которая выявила много подтасованных фактов. Только московская бригада дала, наконец, ходатайство об экспертизе, которую оперативники назвали "шляпной". Ту самую злополучную кепку с места происшествия, наконец-то примерили на голову Чумаченко. Она оказалась на пять размеров больше! Результаты одорологической экспертизы также были поставлены под сомнение.
Выяснилось, что вещественные доказательства в нарушение всех требований хранились не опечатанными. С ними можно было совершать любые манипуляции. К примеру, пистолетный магазин могли вставить в ПМ Чумаченко, тем самым доказав, что это он оставил эту оружейную принадлежность в квартире убитого. Было установлено, что магазин был смазан иным маслом, нежели два штатных магазина к пистолету оперативника.
В следствии понимали, что дали маху, но признаться в этом не хватало мужества. В это же время, благодаря тому, что подозреваемые так и не были арестованы, им удалось скрыться. Кто-то, как говорят, из РУОП, помог Руднову, кстати, судимому, уйти на службу в армию, в пограничные войска. Его для допросов все же доставили в Петербург, но через три дня он снова сбежал. Подозреваемого в убийстве даже не пытались взять под стражу.
28 октября 1996 года уголовное дело по обвинению Алексея Чумаченко в убийстве было прекращено. Все доказательства его вины рассыпались. 30 октября он вышел на свободу под подписку о невыезде. Чумаченко отсидел в камере год без одного дня. За это время его гражданскую жену Татьяну, тоже сотрудницу милиции, вынудили уйти из органов "по собственному желанию". Чумаченко почернел, стал суровым и неразговорчивым, но зла не затаил. Однако, "темное пятно" на репутации сыщика осталось до самой смерти.