С первых дней войны он добровольцем ушел на фронт, был трижды ранен и потерял кисть правой руки. До перевода в трест он работал в Ленгидропроекте заместителем директора и начальником техотдела. В тресте ему удалось реализовать способности крупного руководителя.
По приходу в трест он организовал хорошую техническую библиотеку, подписались на зарубежные технические журналы, которые переводили на русский язык, стали издавать информационные сборники, освещающие передовой опыт работ гидромеханизации.
Фогельсон лично контролировал посещение библиотеки и чтение технической литературы сотрудниками треста.
Был установлен тесный контакт треста с ведущими научно-исследовательскими и учебными институтами по профилю гидромеханизации.
В эти годы гидротехники настороженно относились к сооружению высоких намывных земляных плотин.
В США еще в 30-х годах произошло ряд аварий на плотинах, сооружаемых способом гидромеханизации, в частности на плотине Форт-Пек в 1938 г. Нужно было доказать устойчивость намывных сооружений при соответствующей их конструкции, правильном подборе грунтов и необходимой плотности их укладки.
С этой целью ведущими институтами были проработаны теории расчета устойчивости намывных плотин, на каждую проектируемую плотину создавались технические условия производства работ.
В тресте была организована грунтовая лаборатория, которую возглавил инженер-гидротехник Виктор Васильевич Ерофеев, а впоследствии Семен Тимофеевич Розиноер.
На местах производства работ при намыве ответственных сооружений создавались геотехнические посты, контролирующие качество намываемых грунтов. Эти посты, вместе с авторским надзором групп рабочего проектирования от Проектной конторы «Гидромехпроект», были наделены широкими полномочиями, вплоть до остановки работ в случае нарушения ТУ.
Такой научный и инженерный подход к качеству намываемых сооружений, поставленный С. Б. Фогельсоном и В. А. Платоновым, позволил тресту возводить уникальные земляные плотины в СССР (Мингечаурская плотина на р. Куре высотой 81 м) и за рубежом (Асуанская высотная плотина на р. Нил и др.).
К каким последствиям может привести беспечное отношение к намыву высоких сооружений, свидетельствует авария в Киеве на гидроотвале «Бабий Яр» с трагическими последствиями и большими человеческими жертвами, где работы вел трест «Укргидромеханизация» Минмонтажспецстроя.
С. Б. Фогельсон бережно относился к воспитанию кадров, при направлении молодых специалистов он всегда проводил собеседования и лично следил за продвижением инициативных и грамотных молодых инженеров.