Убийство сына Марка Коммода в ночь на 1 января 193 г. открыло период глубочайшего кризиса античного общества. И на различных этапах этого кризиса Сирия играла значительную роль. Коммод был сменен Пертинаксом, который одно время был наместником Сирии, но его самого уже в марте того же 193 г. убили преторианские гвардейцы, сделав императором Дидия Юлиана. В ответ на это несколько римских полководцев также объявили себя императорами. Среди них был легат Сирии Г. Песценний Нигер, провозглашенный императором в Антиохии в апреле этого же года. Геродиан (II, 8, 6) пишет, что это сделало не только войско, но и собравшаяся толпа. Жители Сирии активно поддержали Нигера, ему подчинились римские наместники ряда других восточных провинций, так что вскоре он стал правителем всей азиатской и даже частично африканской частей империи (Herod., II, 8, 7). Нигер пользовался популярностью и в Риме (SHA, Nig. 2, 2–3). Однако он промедлил и нe сумел организовать оборону против наступающих войск уже захватившего Рим и признанного сенатом Септимия Севера. После сравнительно недолгой военной кампании в 194 г. армия Нигера была разгромлена, и сам он после неудачного бегства убит (Herod, III, 1, 1–4, 6; SHA, Sev., 8, 7–9, 2; Nig. 5).
Север обрушил на побежденных, в том числе на Сирию, жестокие репрессии. Сторонники Нигера были казнены, а их имущество конфисковано. Антиохия снова была лишена самоуправления, но значение этого города было столь велико, что в 202 г. его права восстановили. Сирия была разделена на две провинции — Финикию (точнее, Финикийскую Сирию) и Келесирию (Honigman, 1932, 1681), как в свое время планировал еще Адриан (SHA, Hadr., 14, 1). В состав Финикии было включено не только средиземноморское побережье со старыми финикийскими городами, но и вся южная часть Сирии, видимо, потому, что к этому времени связь между приморскими городами и внутренними районами была уже довольно значительной (Honigman, 1932, 1686). Центром Финикии стал Тир, который, в отличие от многих других городов, во время гражданской войны поддержал Севера (Eissfeldt, 1941, 368; Eissfeldt, 1948, 1900). Келесирией же теперь стала называться северная часть Сирии. Разделение на две провинции должно было обеспечить более тщательный контроль над территорией, столь горячо поддержавшей недавнего претендента на власть.
Внешне политика Севера в Сирии, как и в других частях империи, была противоречивой. Субъективно она определилась конкретными политическими целями, в данном случае — желанием наказания врагов и поддержать своих сторонников. Так, наказывая Антиохию, Север возвысил ее соперницу Лаодикею. То же произошло на финикийском побережье, где Тир получил привилегии в ущерб Бериту (Шифман, 1977, 280–281). Но все же общая линия в северовской политике прослеживается довольно ясно. Несмотря на чисто местные интересы, основная масса сирийских городов поддержала Нигера, причем это были преимущественно наиболее крупные города, экономически и культурно развитые, и их наказание было ударом по городскому полисному строю, являвшемуся основой античного общества. Подобная картина отмечается и на Западе, в том числе в самой Италии, и в наиболее романизованных частях провинций, где сенаторская и муниципальная знать поддержала другого соперника Севера — Клодия Альбина (AlfGldy, 1968, 119–122; Seyfarth, 1975, 240; Циркин, 2000, 261–262). Таким образом, можно сделать вывод, что поражение Нигера (как и Альбина) было поражением античного мира и победой новых тенденций в развитии римского общества. В целом же Север относился к Сирии весьма доброжелательно. Он ввел в сенат большое количество сирийцев, да и вообще при нем половину всех провинциальных сенаторов составляли выходцы с Востока (Bats, Bcnoist, Lefebvre, 1997, 110), и это были в основном уроженцы Сирии. Такая склонность к сирийцам объясняется как чисто личными мотивами, ибо жена Севера Юлия Домна была сириянкой, так и политическим расчетом, т. к. император считал необходимым укрепить свое влияние в стране, значение которой еще более увеличивалось в связи с планируемым Севером наступлением на Парфию. В ходе двух войн с парфянами и небольшими княжествами, отделившимися от Парфии, Север захватил часть Месопотамии, где основал одноименную провинцию, так что обе сирийские провинции перестали быть пограничными.