Поскольку важнейшей задачей царя была война с филистимлянами, то главный акцент Саул сделал на военной реформе. В войне с аммониятами участвовало все израильское ополчение, но для войны с филистимлянами, как показали недавние события, оно не годилось. Поэтому на втором году своего правления Саул начал проведение реформы. Он создал постоянное войско в количестве 3000 человек, разделив его на две части, одну из которой, большую, возглавил сам, а другую поставил под командование своего старшего сына Ионатана (I Sam., 13, 1–2). И это скоро дало свои плоды. Отряд Ионатана разбил филистимский гарнизон в Гиве и, видимо, освободил этот город. Победа была далеко не решающей, но она была первой после страшного поражения, и это подняло дух народа. После этого Саул снова собрал ополчение, с которым и выступил против филистимлян. В ожесточенном сражении, в котором значительная роль опять же принадлежала отряду Ионатана, израильтяне одержали победу (I Sam., 13, 3—14, 46).
После рассказа об этой войне библейский автор говорит, что Саул утвердил свое царство над Израилем (I Sam., 14, 47). Создается впечатление, что он был снова (фактически в третий раз) утвержден царем. Может быть, разгадка коренится в некоторых деталях предыдущего рассказа. Там упоминаются евреи, которые действовали заодно с филистимлянами, и те, которые прятались в горах, не участвуя в сражении; но узнав о победе Саула, те и другие примкнули к его армии (I Sam., 14, 21–22). По-видимому, и после победы над аммонитянами оставались люди, по тем или иным причинам не признававшие Саула царем и отказывавшиеся ему повиноваться. Победа же над филистимлянами привела к окончательному признанию Саула царем всего Израиля.
Это дало царю возможность провести второй этап военной реформы. Библия сообщает, что Саул, приметив какого-либо сильного и воинственного человека, брал его себе на службу (I Sam., 14, 52). Это ясно свидетельствует о введении им какого-то вида рекрутского набора и, следовательно, создания регулярной армии. Во главе ее он поставил своего двоюродного брата Авенира, или Абнера (I Sam., 14, 50–51). Армия, по-видимому, еще не заменила полностью общеплеменное ополчение, но стала важным шагом к такой замене. Сама армия еще строилась с учетом родо-племенной структуры израильского общества, но в ней уже были созданы новые единицы — сотни и тысячи во главе со своими командирами (I Sam., 22, 7), впрочем, в них включались люди одного "дома", рода, племени (Tadmor, 1981, 117). Создание новой армии позволило Саулу успешно воевать с соседями, в том числе с амалектянами. Последняя война являлась в известной степени оборонительной, ибо ее целью была защита от набегов амалектян (I Sam., 14, 48). Поскольку ближайшей к территории амалектян была земля племени Иуды, то ясно, что целью кампании Саула была защита именно этой земли, и, следовательно, это южное племя тоже подчинялось власти Саула (Eissfeldt, 1975а, 576).