Лишь в 1940 году состоялся новый переход военных кораблей по Севморпути — на Тихий океан в составе ЭОН-10 ушла советская подлодка Щ-423. Об этом переходе более подробно будет рассказано ниже.
Приходится констатировать, что Северный морской путь до начала Великой Отечественной войны никогда не рассматривался советским военным руководством как вероятный театр непосредственных военных действий. Основой для подобного заблуждения служили взгляды военных теоретиков, сформированные в XIX столетии и первой четверти XX столетия, когда считалось, что арктические моря и берега из-за своей географической недоступности не имеют военного значения. Все военное значение Севморпути ограничивалось только возможностями его использования для межтеатровой переброски кораблей РККФ по морской трассе, не контролируемой противником. Для этого в начале 1941 года в Главном морском штабе РККФ началось формирование специального Северного (Полярного) отдела, на который возлагались разработка вопросов оперативного использования арктических морей на участке от новоземельских проливов до Берингова пролива, а также организация и руководство проводкой кораблей флота от портов их специального оборудования до портов назначения. На офицеров нового отдела тут же было возложено выполнение следующих задач:
1. Разработка организационных мероприятий по использованию Севморпути в мирное и военное время. И в первую очередь — дня строительства береговой обороны, аэродромов, сети постов наблюдения и связи, разработка специальной военно-морской подготовки личного состава и средств ГУ СМП к использованию их в случае начала боевых действий в Арктике.
2. Разработка всей документации и руководство подготовкой к переводу по Севморпути кораблей ВМФ, подготовка наставлений и иной документации дня плавания кораблей во льдах, учет командирских кадров, имеющих опыт ледового плавания.
3. Составление заданий по гидрографическому изучению и навигационному оборудованию трассы, учет плавания иностранных кораблей в западном секторе советской Арктики.
Однако война в эти планы внесла существенные коррективы, и вскоре после 22 июня 1941 года, по сути, так и не начав работы, Северный отдел ГМШ РККФ прекратил свое существование. Часть стоявших перед ним задач была перераспределена между управлениями и отделами Главного морского штаба, а часть возложена на штабы Северного и Тихоокеанского флотов.
Сложно не согласиться, что, несмотря на все победы над Арктикой в 30-е годы XX века, значение арктического морского направления в СССР явно недооценивалось, а вопросы защиты арктических районов и безопасности здешних морских сообщений практически не разрабатывались. Истинное значение, а также объем народно-хозяйственных перевозок по Северному морскому пути, которые потребовали обеспечения советским военным флотом, мы узнали только в ходе войны.