Ф.А. Головину поручили ведение переговоров об обозначении границы по реке Амур, если это окажется возможным, при одновременном сохранении права русских купцов торговать вдоль данной реки и ее притоков. Изначально он следовал приказам, требующим от него максимального отказа от уступок по русским поселениям, расположенным по берегам Амура, но в 1687 году ему передали полномочия сдать разрушенную крепость Албазин маньчжурам в обмен на «величайшую благодать». Тем самым Ф.А. Головин открыл торговые пути между Московией и Срединным царством. От него требовалось предотвратить насилие и кровопролитие, которые, понятное дело, угрожали срывом успешным торговым отношениям.
А императору Канси передавалось приглашение отправить свою дипломатическую миссию в Москву в обмен на прибывшее в Пекин русское посольство. Причем надежды возлагались на то, что такая миссия прибудет с грузом драгоценных камней, серебра, бархата, камчатого полотна и специй. Русское правительство обещало выкупить у китайского посольства все эти изысканные товары. Если бы выполнить все эти задания ему не удалось, Ф.А. Головину следовало убедить маньчжурский двор оставить дверь открытой для российского посольства на будущее.
Изначальным местом для переговоров назначили русский острог Селенгинск на реке Селенга к югу от озера Байкал, но пекинским представителям пришлось вернуться. Дорогу им преградили участники Джунгарского мятежа во главе с ханом Галданом-Бошогту. Саму свиту Ф.А. Головина осадили в Селенгинске монголы, вытесненные на север набегами людей Галдана-Бошогту. Нам предстоит убедиться в том, что джунгарская проблема еще на протяжении значительной части следующего столетия будет осложнять российско-китайские отношения. Вожди этой влиятельной народности, относящейся к группе монгольских ойратских (элютских) племен Средней Азии, постепенно объединили под своим началом соседние племена и тем самым в 1630-х годах нарастили собственную военную мощь. Неизбежным казался такой исход, при котором пришедшие к власти в Китае маньчжуры, отличавшиеся непомерными экспансионистскими устремлениями, постараются оспорить господство джунгар над Средней Азией. К 1668 году хан Галдан-Бошогту, получивший от русских властей огнестрельное оружие и оружейников, предпринял попытку установления власти над своим регионом. Он вполне мог претендовать на господство во всей Восточной Азии. Пал под натиском его отрядов Восточный Туркестан, в осаде оказались Хами и Турфан. Усилия императора Канси по умиротворению джунгар на совете в 1686 году закончились неудачей, а хан Галдан-Бошогту напал на халха-монголов. Его полчища хлынули в восточном направлении. К тому времени, когда Ф.А. Головин со своей свитой прибыл на тот самый край Сибири, контроль над Средней Азией вызывал большие сомнения. Только после того как русские и маньчжуры договорились заключить Нерчинский договор (1689), хана Галдана-Бошогту удалось разгромить в сражении при Улан-Бутуне. Решительного поражения джунгары не понесли, но им все равно пришлось отказаться от похода на китайскую столицу и согласиться на клятву мира. Галдан-Бошогту наложил на себя руки в 1697 году, и на этом завершилось первое крупное вооруженное столкновение между джунгарами и маньчжурами. Последнее противостояние заняло еще 60 лет.