В Сенате делали особый упор на выбор способов, посредством которых мог осуществляться контроль и надзор над деятельностью обоза. Все меха и прочие предметы торговли, приобретенные путем покупки, — ясак или на доход с десятины (таможенный сбор или налог с оборота) для отправки в Пекин и оставленные на сибирских сборных пунктах, требовалось тщательно упаковать и промаркировать с указанием способа приобретения — покупки, ясака или на доход с десятины. Затем скрепить печатью местного поселка или города, чтобы отправить в московское представительство губернатора Сибири с приложением списка каждого предмета и указанием упаковки, в котором он находится. Эти товары требовалось отправить непосредственно в Москву без распаковки и нарушения печатей в Тобольске или Верхотурье. По прибытии в Москву товары проходили оценку в соответствии с их таможенной стоимостью и выставлялись на публичные торги. Все товары, одобренные для отправки в Пекин, и привезенные китайские товары тщательно упаковывались, опечатывались, и в заранее определенных местах хранились полные их списки с указанием каждого предмета. Копию такого инвентарного списка (описи или росписи) полагалось постоянно держать вместе с товарами обоза. После возвращения из Пекина одну копию требовалось сдать иркутскому вице-губернатору или воеводе, а вторую — отослать генерал-губернатору в Тобольск. В конечном счете она приходила в Сибирский приказ. Вице-губернатору или воеводе вместе с таможенниками поручалась тщательная сверка самих товаров и их инвентарных ведомостей с последующим подтверждением соответствия друг другу. В целях обеспечения проведения полной и добросовестной проверки чиновникам обоза вменялось в обязанность заранее предупреждать таможенных чиновников о дне, когда прибытие обоза можно ждать на таможенном пункте. Досмотру подвергались не одни только товары обоза, но также и каждый обозник и солдат на предмет попытки контрабандного провоза ими товара в Пекин или из него. В случае обнаружения контрабанды ее полагалось изымать в пользу государства, но треть ее распределялась среди тех сотрудников, кто предотвратил попытку обмана властей. Вице-губернатору или воеводе вручалась новая официальная печать обоза, а образец ее оттиска отправлялся в управления таможни Тобольска, Верхотурья и Москвы.
Канцеляристы назначались для постоянного ведения приходных и расходных книг, в которых регистрировались все факты продажи, покупки, обмена или расходования средств, в том числе пошлины, внесенные при въезде в Пекин или отъезде из него с подробным указанием адреса места совершения сделки. Сами эти книги требовалось передавать в Сибирский приказ, подробное извлечение из них — в Ревизионную коллегию и сокращенный вариант — Правительствующему сенату. Точно такой же учет велся участниками предыдущего обоза Третьякова — Молокова.