5 февраля 1945 г. во главе эскадрильи летал на бомбардировку порта Пиллау, в результате было уничтожено 53 здания, повреждено два корабля противника.
8 февраля 1945 г. приказом войскам 3-го Белорусского фронта №0153 Сергею Николаевичу Глинскому было присвоено звание гвардии майор.
Приказом войскам 1-й воздушной армии №012/н от 17 февраля 1945 г. Глинский награждён орденом Отечественной войны I ст.
20 февраля 1945 г. ведущим полка бомбардировал живую силу и технику противника в южной части г. Браунсберг. Было уничтожено и повреждено 53 здания, было отмечено прямое попадание в завод и разрушено 200 метров железнодорожного полотна.
9 марта 1945 г. ведущим эскадрильи в составе полка нанёс бомбовый удар по живой силе и миномётным батареям в опорном пункте Хансвальде. В результате бомбометания весь пункт был перекрыт разрывами бомб, разрушено и сожжено 20 зданий, отмечено 7 прямых попаданий по траншеям.
8 апреля 1945 г. ведущим полка вылетал на бомбардирование с задачей вывода из строя лётного поля и взлётно-посадочной полосы на аэродроме Нойтиф. Искусно маневрируя под огнём зенитной артиллерии противника, точно вышел на цель и поразил её. Все бомбы полка легли точно по лётному полю и взлётно-посадочным полосам. По данным разведки, вследствие налёта нашей авиации, аэродром был полностью выведен из строя.
16 апреля 1945 г. ведущим 16-ти самолётов Пе-2 вылетел на бомбардирование артиллерийско-миномётных батарей и живой силы противника в одном километре южнее Гайдау. При подходе к цели группа был перенацелена приказом командующего на г. Фишхаузен. Умело выбрав курс, Глинский неожиданно вышел на цель со стороны солнца и нанёс внезапный удар по живой силе и технике противника в Фишхаузене. В результате удара было разрушено и повреждено 17 зданий, при этом возникло 6 крупных очагов пожаров, отмечено 5 прямых попаданий по траншеям и блиндажам.
За успешные боевые действия в Восточной Пруссии Глинский был награждён медалью «За взятие Кёнигсберга».
За период Великой Отечественной войны Сергей Глинский лично произвёл 147 успешных боевых вылетов на самолёте Пе-2. В боевой характеристике отмечено, что Глинский «дисциплинированный командир эскадрильи, хороший организатор, отличный лётчик, в совершенстве владеющий техникой пилотирования самолёта Пе-2. Летает в сложных метеоусловиях днём и ночью. В полётах находчив, настойчив и вынослив. При выполнении боевых заданий проявляет мужество и отвагу. Отличный пикировщик».
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 29 июня 1945 г. за образцовое выполнение заданий командования и проявленные мужество и героизм в боях с немецко-фашистскими захватчиками гвардии майору Глинскому Сергею Николаевичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».