В том же 1736 г. лейтенант Д. Путилов — капитан пакетбота «Курьер» на котором ходил между Кронштадтом и Любеком.
В период 1738—1739 гг. лейтенант Д. Путилов являлся главным командиром Ревельского порта.
3 ноября 1740 г. Даниил Путилов получил звание капитана полковничьего ранга.
В феврале 1741 г. капитан фрегата «Вахмейстер» Даниил Путилов назначается командиром эскадры для доставки грузов из Ревеля в Архангельск. Перевозимым грузом было парусное сукно, комплект артиллерийских орудий, якорей и прочего оборудования для новых строившихся судов. В эскадру Д. А. Путилова входило три фрегата, кроме «Вахмейстера» — фрегаты «Кронделинде» под командованием капитана С. И. Мордвинова и «Кавалер» под командованием капитана А. И. Нагаева. Эскадра снялась с якоря в Ревеле 11 мая 1741 г., 19 мая эскадра прибыла в Копенгаген. Обогнув Скандинавский и Кольский полуостров, к 7 июля корабли вошли в Белое море и бросили якорь у острова Мудьюг, в тот же день эскадра прибыла в Архангельск.
По общему мнению, перегруженные фрегаты успешно достигли цели своего плавания, но омрачило успех данного путешествия большое количество больных и умерших во время перехода. «В путешествии нашем были великие туманы и сырые воздухи отчего было много больных, и много померло», — вспоминал С. И. Мордвинов. Согласно рапорту Д. А. Путилова, поданному по прибытии в Архангельск, на трёх судах имелось 326 больных и умерли 121 человек нижних чинов.
В 1742—44 гг. капитан 54-х пушечного линкора «Святой Андрей» Даниил Путилов принимает участие в Русско-шведской войне (1741—1743) в составе эскадры адмирала Н. Ф. Головина. В 1744 г. состоит в составе Ревельской эскадры, в 1746 — в составе Кронштадтской эскадры ходил с флотом до города Рогервика (ныне Палдиски в Эстонии).
В 1750 г. Путилову была поручена починка крепостей Кронштадта. В 1751 г. он являлся капитаном 66-ти пушечного линкора «Архангел Рафаил», ходил до острова Готланда. В этом же году 5 сентября, после восстановления деления капитанов на ранги, Путилову присвоен чин капитана 1-го ранга.
7 апреля 1753 г. Адмиралтейств Коллегия просит императрицу Елизавету Петровну уволить со службы Даниила Путилова. 18 декабря того же года Путилов был уволен от службы с награждением чином капитан-командора. Прослужив на флоте 37 лет, будучи одним из первых российских морских офицеров, Даниил Путилов вышел в отставку. Его сослуживцы С. И. Мордвинов и А. И. Нагаев впоследствии дослужились до адмиральского чина.
Даниил Алексеевич Путилов владел обширными землями на территории современного Струго-Красненского района, в том числе землёй при деревнях: Логовеще, Бровск, Рагозино, Яблонец, Павлюково, Негино, Симанский Лог; озёрами: Веленским, Щирским, Малым Линно (Чёрным), Записенским, а также многими пустошами.