Отряд Сорокина 9 декабря 1798 г. присоединился к эскадре под командованием вице-адмирала Ф. Ф. Ушакова, которая блокировала крепость Корфу. После штурма 18 февраля 1799 г., поддержанного корабельной артиллерией, французские войска на островах Корфу и Видо капитулировали.
1 апреля 1799 г. адмирал Ушаков отдал приказ капитану Сорокину возглавить отряд из трёх фрегатов, идти в итальянский порт Бриндизи и очистить берега провинции Апулии от неприятельских судов, французов и итальянских бунтовщиков, а также убедить местное население в подданстве неаполитанскому королю.
Чуть позже, по просьбе короля Неаполя адмирал Ушаков дал приказание Сорокину с тремя фрегатами следовать к Неаполю и поддерживать порядок в городе силою эскадры и ранее высаженного десанта. Сам Ф. Ф. Ушаков отправился с эскадрой в Палермо для встречи с английским адмиралом Горацио Нельсоном. 25 августа 1799 г. Сорокин сообщал Ушакову, что русские войска приняты в Неаполе хорошо и успешно поддерживают порядок. Адмиралы Ушаков и Нельсон, не смогли договориться о совместных действиях, но 26 августа прибыли с эскадрами в Неаполь, где соединились с отрядом Сорокина. Неаполитанский король Фердинанд IV поручил Ушакову руководство военными действиями и подчинил ему неаполитанские войска. 28 ноября 1799 г. Александр Сорокин произведён в капитаны 1-го ранга. 20 декабря 1799 г. русская эскадра покинула Неаполь, но отряд капитана Сорокина находился там вплоть до апреля 1800 г.
Твёрдый характер и принципиальность Сорокина показывают документы из архива военно-морского флота. Там, например, хранится «доклад о служебных пререканиях капитана 1-го ранга А. А. Сорокина с командующим десантными войсками в Неаполе генерал-лейтенантом М. М. Бороздиным по поводу назначения следствия об убийстве городскими полицейскими стражниками солдата из десантной команды». Таким образом, Сорокин не побоялся отстаивать честь русского воина даже перед серьёзным начальством. К тому же документально подтверждено, что в 1800 г. Сорокин потратил свои личные деньги в размере 5400 дукатов на казённые нужды для обеспечения эскадры.
За два с половиной года Средиземноморского похода эскадра адмирала Ф. Ф. Ушакова потеряла 400 человек, но не потеряла ни одного корабля, что свидетельствует о высоком мастерстве капитанов и хорошей подготовке матросов. В результате похода эскадры Ф. Ф. Ушакова, Россия обрела военную базу на острове Корфу в Средиземном море и усилила своё присутствие в этом регионе. За отличия, проявленные в данном походе, Александр Сорокин был награждён орденами св. Анны II ст. и св. Иоанна Иерусалимского. Кроме того, от неаполитанского короля он получил орден св. Фердинанда «За верность и услуги».