А. О. Армфельд отмечал, что при избрании способа преподавания следует преимущественно иметь в виду, чтобы учащиеся усваивали себе не одну внешнюю форму, но и настоящее содержание, настоящий дух науки. Излагаемый предмет не должен восприниматься механически, пассивно; напротив, «учащийся должен собственным, самостоятельным мышлением помогать построению науки и живым участием сопровождать диалектическое ее движение до последних выводов». Все вышеизложенное остается актуальным и в настоящее время.
Программа преподавания предусматривала обязательное обучение студентов осмотру и вскрытию трупов под руководством профессора или прозектора и представление хотя бы одного образца судебно-медицинского акта и свидетельства, «обработанного по правилам науки и по форме законами установленной».
Программа учебного курса по судебной медицине 1863 г. включала уже экспертизу вещественных доказательств, судебно-медицинскую баллистику, некоторые разделы криминалистики, экспертизу расчлененных трупов; были расширены процессуальный раздел, судебно-медицинская токсикология и др.
На кафедрах проходили подготовку практические судебные врачи для получения ученой степени и сдачи государственных экзаменов на звание городовых, уездных врачей, а также инспекторов врачебных управ.
Однако связь кафедр судебной медицины с органами практической экспертизы была слабой, хотя иногда следственные органы обращались в университет и медико-хирургические академии за консультацией по спорным судебно-медицинским делам. Профессора (штат кафедр включал профессора, прозектора и помощника прозектора) никогда не приглашались на заседания суда, а все их заключения перепроверялись врачебными управами.
В 1844 г. Медицинский совет установил, «…чтобы трупы, препровожденные в Университеты и Академии для судебно-медицинских исследований, вскрывались бы при бытности профессора судебной медицины не иначе как в присутствии необходимых официальных лиц и того врача, которому по обязанности службы следовало бы производить вскрытие. Последний составляет… свидетельство и со своим заключением препровождает по принадлежности».
Некоторые отечественные исследователи ошибочно утверждали, что в XIX столетии кафедры судебной медицины почти не имели в своем распоряжении практического материала; единственным материалом, доходившим до кафедр судебной медицины, были трупы скоропостижно умерших.
Однако в середине и конце XIX в. практического материала для обучения студентов было вполне достаточно, улучшилась материально-техническая база кафедр. При этом сотрудники кафедр судебной медицины оказывали существенную помощь органам суда и полиции. Данное положение можно проследить на примере кафедры судебной медицины Императорского Московского университета.