Розыск, т. е. допросы и пытки, и после смерти царевича продолжался с неослабной энергией и закончился только в декабре. Одни из подсудимых (Авраам Лопухин, Яков Игнатьев, Иван Афанасьев, Дубровский) были казнены, и отрубленные головы их воткнуты на железных спицах вокруг каменного столба. Другие биты кнутом с урезанием языка и рванием ноздрей. Евфросинья за ее предательство получила свободу вместе с частью Алексеева имущества, удостоилась милостей и, если верить одному известию, вышла замуж за офицера, служившего в том же Петропавловском гарнизоне.
Само собой разумеется, что такое сложное событие, как дело царевича Алексея, вызвало разнообразные взгляды, суждения и отношения в исторической литературе.
Академик Устрялов посвятил сему делу большой том с приложением свыше 200 документов, извлеченных из русских государственных архивов, а также из венского Тайного архива и большею частью впервые обнародованных. Но, преследуя чисто фактическую сторону дела, он воздержался от каких-либо положительных выводов и даже от догадок относительно закулисной его стороны, а тем менее коснулся его государственного значения. Зато другой академик, Погодин, в своем отчете об изданном Устряловым деле царевича проникнут явною симпатией к последнему и близко подходит к истине, заподозрив в гонении на него интриги близких к царю, главным образом Екатерину и Меншикова. Третий академик, Соловьев, наоборот, с явным несочувствием относится к Алексею, видит в нем опасное орудие московской реакции против петровских преобразований и склоняется на сторону того мнения (оно же высказано самим Петром), которое полагает, что царь пожертвовал сыном для спасения своих реформ, т. е. ради блага государственного. Почти той же точки зрения держится Костомаров. Четвертый академик, В.О. Ключевский, в IV выпуске своего «Курса русской истории», посвященном по преимуществу Петру Великому, совсем пропустил дело царевича. И только в параграфе о «престолонаследии Петра I» он заметил: «Спасая свое дело, во имя его пожертвовал и сыном», следовательно, без всяких рассуждений примкнул к мнению Соловьева. К тому же мнению, конечно, присоединились писавшие специально об этом деле историки-немцы, именно марбургский профессор Эрнест Герман и в особенности дерптский профессор А. Брикнер; последствия показали, что устранение Алексея Петровича от престола более всего принесло пользу немецким интересам. Брикиер не без пафоса ставит Петра перед задачей или пожертвовать сыном, или поставить на карту свои реформы, судьбу своих жены и рожденных от нее детей, интересы государства, народа и, может быть, судьбу всей России. Упомяну еще польско-французского писателя К. Валишевского, который в большом томе, посвященном Петру Великому, с обычною своею развязностью и болтливостью передает подробности по делу царевича и даже приводит неблагоприятный для Петра отзыв об этом деле Вольтера, но, оставаясь равнодушным к его трагической развязке, не дает ему исторических объяснений и выводов.