На первых порах удачно складывалась судьба второго сына, Александра. Он окончил Царскосельский лицей и служил во флоте в чине лейтенанта, успешно занимаясь переводом учебных книг для морского корпуса. В 1833 году у него вышла книга: «Собрание небольших переводов из новейших иностранных сочинений по части мореплавания», в которой содержались следующие произведения: «Погоня», «Цейлонские ладьи и Перуанские бальзы», «Шлагтов из клиньев», «Возвращение капитана Росса», «Занятие и укрепление скалы Алмазной», «Плавучий брашпиль рыбаков Командельского берега», «О морской артиллерии». Но в 1835 году Александр Воронихин умер на 28-м году от роду.
Да и сам Андрей Никифорович торопился, как будто предчувствуя короткий срок бытия. После освящения Казанского собора ему оставалось жить три года. И слава Богу, что еще при его жизни его собор стал пантеоном русской славы. На его стенах были развешаны трофеи, взятые у французов во время их нашествия на Россию: 106 знамен и орлов, маршальский жезл Даву, ключи от крепостей и городов, завоеванных русскими воинами в 1812 и 1813 годах. А когда бренные останки М. И. Кутузова привезли в Петербург, Александр I собственноручно написал: «Мне кажется приличным положить его в Казанском соборе, украшенном его трофеями».
Разве мог мечтать о таком величии босоногий крепостной мальчишка из Усолья, сын Пелагеи и Никифора, мальчик, делавший из коровьего навоза и глины слепки храмов? Он мечтал строить храмы, но чтобы в Петербурге, на Невском?! Разве робость подневольного паренька позволила бы так высоко о себе думать?
А только ли один Казанский собор он воздвиг? Кроме него он построил Горный институт, терапевтические клиники Медико-хирургической академии, дачу Строганова на Черной речке, колоннады, обелиски и фонтаны Петергофа, Пулковские фонтаны, Розовый павильон в Павловске, дворцы в Стрельне и Гатчине.
Воронихин создал проекты двух крупных церковных сооружений — Исаакиевского собора в Петербурге и храма Христа Спасителя в Москве, но этим замыслам не суждено было осуществиться.
Воронихин скончался неожиданно, можно сказать внезапно, 21 февраля 1814 года. В журнале «Сын Отечества» № 12 за 1814 год был помещен некролог, который приводится в сокращении с сохранением орфографии текста.
«К общему прискорбию скончался скоропостижно, минувшего 21 февраля, знаменитый Профессор Архитектуры Надворный Советник и Кавалер, Андрей Никифорович Воронихин на 54 году от своего рождения. Сей славный муж, по изящным произведениям своего зодчества российский Витрувий, родился в 1760 году в Пермской губернии, в селении Новое Усолье, где, обучаясь российскому языку, по врожденной склонности своей с природной остротою изучился также начальным правилам рисования и живописи. В 1777 году приехал в Москву и продолжал упражняться в живописи, особенно в миниатюрной, занимаясь между тем с великим рачением перспективою. В сем столичном городе развились также способности и склонность к архитектуре — и здесь он положил первое основание знаниям своим в сем важном искусстве, пользовавшись наставлениями знаменитого в то время российского зодчего г-на Баженова, и трудами своими обратил на себя внимание покойного Преосвященнейшего Митрополита Платона и покровительство известного архитектора г-на Казакова, предусматривавшего таланты Воронихина и будущую славу его в искусстве строительном.