Одновременно шли преобразования в других областях государственного устройства. В 1782 году был издан закон, отменявший крепостное право в славянских владениях Австрии.
Иосиф намеревался привести к административному единообразию невероятно сложную габсбургскую имперскую систему. Но только в самой Австрии монарх был неограниченным прирожденным государем. В Тироле он был властителем, на которого свысока смотрело независимое крестьянство, в Бельгии — политическим главой республик, в Чехии и Моравии — чужеземным властелином, в Венгрии — феодальным сюзереном дворянской республики, в Галиции и Ломбардии — завоевателем, управлявшим по праву меча. Невозможно было управлять таким государством так, чтобы все оставались довольны. Иосиф поставил себе задачу слить в одно целое все свои владения, уничтожить все местные политические права, стереть границы между различными нациями и заменить их простым административным разделением всей империи, сделать немецкий язык господствующим, дать единый свод законов и уравнять перед законом массу крепостных крестьян с бывшими господами.
В 1782 году были упразднены правительства 12 земель и вместо них созданы шесть губерний. Выборные управы были заменены правительственными чиновниками.
В Бельгии попытки реформирования привели к вооруженному противостоянию. В 1787 году весь исторически сложившийся строй Бельгии был радикально изменен, и австрийское правительство отменило все старинные учреждения страны. Было образовано министерство юстиции, а дворянство, духовенство и города лишились права иметь особые сословные суды. Представительский орган Бельгии, Штаты, перестал играть какую бы то ни было роль и, прежде всего, потерял право утверждать налоги. Однако бельгийцы готовы были взяться за оружие, отстаивая свои традиционные права.
Правительница Бельгии, сестра императора Мария Кристина, писала императору: «Любезный брат, умоляю вас на коленях, не настаивайте на принятых вами мерах, иначе эти провинции, все без исключения, предадутся такому отчаянию, что сочтут себя вправе порвать узы, связующие их с династией». В ответ Иосиф назначил одного за другим двух губернаторов, заявив: «Бельгийцы должны образумиться и покориться, иначе употреблена будет сила и зло вырвано с корнем, каковы бы ни были последствия».
Силу губернатор и применил, в Брюсселе и Антверпене дошло до кровопролития. Осенью 1789 года начались восстания в Брабанте, Брюсселе, Намюре и Генте. 27 октября австрийская армия потерпела поражение, а к концу года почти вся Бельгия была освобождена от австрийских войск. В январе 1790 года на Национальном конгрессе в Брюсселе было провозглашено образование нового государства — Соединенных штатов Бельгии.