Однако, на наш взгляд, версия убийства «непокорного брата» представляется весьма сомнительной. Конечно, Моцарт был членом масонской ложи и имел достаточно высокий уровень посвящения. И странно, что масонское сообщество, обычно оказывающее помощь собратьям, не пришло проводить Моцарта в последний путь, а специальное заседание ложи, посвященное его кончине, состоялось лишь через несколько месяцев. Возможно, определенную роль в этом сыграло то, что в 1791 году мировоззренческие расхождения между композитором и масонами достигли своего пика. Дело в том, что в опере была широко использована масонская символика, раскрыты многие строго оберегаемые ритуалы, которые положено было знать лишь посвященным. И это не могло пройти незамеченным. Но все это не является достаточным доказательством того, что Моцарт именно за это поплатился своей жизнью. Безусловно, масонам было запрещено говорить посторонним о масонских тайнах, и они приносили клятву о неразглашении на Библии. Но тут возникает естественный вопрос: почему пострадал именно Моцарт? Ведь либретто оперы было написано не им. Он написал только музыку, то есть не мог ничего разгласить. Но при этом Шиканедер умер спустя четверть века после смерти Моцарта в возрасте шестидесяти одного года, и никто никогда не посягал на его жизнь.
Но самым сильным аргументом против «масонской версии» смерти Моцарта можно считать тот факт, что «Волшебная флейта» не высмеивает масонство, а воспевает его. Ведь в результате венские франкмасоны не только не обиделись на оперу, но и заказали Моцарту еще одну кантату, которую он набросал за несколько дней между премьерой «Волшебной флейты» и своей смертельной болезнью. Некоторые масоны, в частности, сам Шиканедер, на премьере оперы исполняли часть ролей, и их никто за это не покарал. А в 1792 году масоны организовали постановку заказанной Моцарту кантаты в пользу его вдовы и детей. Поэтому очевидно, что масоны не имеют никакого отношения к смерти Моцарта.
А Джаспер Ридли делает окончательный вывод, с которым трудно не согласиться: «Первым подозреваемым в убийстве Моцарта стал его соперник, итальянский композитор Антонио Сальери. Когда эта теория была благополучно опровергнута, стали говорить, что Моцарта убили его супруга и ее любовник, а то и муж его любовницы. Разумеется, в скором времени пошли слухи o том, что Моцарта убили масоны за то, что он выдал их тайны в „Волшебной флейте“. Это одна из самых нелепых теорий, выдуманных противниками масонов.
„Волшебная флейта“ не открывает никаких масонских тайн, зато мистический ореол вокруг этой оперы, как и было задумано, немало способствует популярности масонства».