Бегство Карла V в Нидерланды, предварявшее его официальный уход из политики, пошло на пользу делу религиозного примирения в империи. Более покладистый и дипломатичный Фердинанд после нескольких лет раздоров, охвативших Германию, сумел договориться с протестантами о мире, который был заключен в Аугсбурге в 1555 году. По выражению немецкого историка Ф. Ангермайера, это была «победа политики над религией», поскольку практическая необходимость и неизбежность сосуществования обеих конфессий заставила даже самых непримиримых католиков и протестантов поступиться принципами. Главным положением Аугсбургского мира стало Cujus regio, ejus religio («Чья власть, того и вера») — что означало необходимость для подданных каждого из субъектов империи избрать ту конфессию, к которой принадлежал глава этого субъекта. Двадцать пятого октября 1555 года в три часа пополудни по приказу Карла V представители нидерландских сословий собрались в большом зале императорского дворца в Брюсселе. Здесь когда-то был провозглашен совершеннолетним юный габсбургский принц, ставший теперь пожилым, явно нездоровым мужчиной с вытянутым усталым лицом, характерной выступающей вперед «габсбургской» нижней губой и седеющей бородой. Негромким голосом Карл V произнес речь, в которой подвел итог своего многолетнего правления. Ноты смирения и бегства от мирской суеты, к чему так стремился усталый монарх, слышались в его словах, которые, по свидетельствам современников, произвели большое впечатление на присутствовавших в зале брюссельского дворца. Формально речь Карла V была отречением от власти в пользу сына только в бургундских владениях Габсбургов, то есть в Нидерландах.
Тремя днями раньше, однако, произошло другое знаменательное событие: император сложил с себя полномочия великого магистра ордена Золотого Руна, которые были привилегией главы Габсбургского дома, и передал их сыну Филиппу, что было весьма спорным шагом, учитывая запутанность вопроса о преемнике Карла. Позднее, в январе 1556 года, Филиппу II была отдана власть в испанских и итальянских владениях Габсбургов. Императорская корона формально оставалась у Карла, хотя все полномочия главы империи давно уже были в руках Фердинанда. Только в марте 1558 года, когда его старшему брату оставалось жить лишь несколько месяцев, Фердинанд I (1558–1564) с согласия курфюрстов был провозглашен новым римско-германским императором. Эпоха Карла V завершилась.
Отрекшийся император уехал в Испанию, где в монастыре Сан-Херонимо-де-Юсте для него был построен домик — нечто вроде комфортабельной кельи. Впрочем, уединение Карла не было монашеским: проводя значительную часть времени в молитвах, он, тем не менее, воздавал должное обильной еде и питью, от пристрастия к которым не избавился и в старости, вел активную переписку с Филиппом II, которого забрасывал политическими советами, а когда позволяло здоровье, работал в саду. Бывший император, испытывавший интерес к технике, собрал уникальную коллекцию часов, с которой связана следующая легенда.