Окончательный раскол в НДПА произошел 14 сентября 1979 года, когда Амин инсценировав покушение на себя охраной Тараки, отстранил его от власти. Затем он приказал офицерам президентской гвардии задушить конкурента.
10 октября официально было объявлено, что Тараки умер после непродолжительной и тяжелой болезни. Со своих постов были сняты неугодные Амину министры, и он повел дело к установлению диктаторского режима. Последовали многочисленные аресты и убийства неугодных. К ноябрю 1979 года в ДРА свирепствовал террор, фактически в стране началась гражданская война.
Решение о вводе войск, было принято советской стороной после долгих колебаний. Длительное время подобные просьбы отклонялись. Но постепенно сложилась идея замены Амина более прогрессивным деятелем. В это время в Москве пребывал Бабрак Кармаль, и поскольку он имел и пользовался популярностью у многих партийцев, то это кандидатура казалась наиболее подходящей для того, чтобы возглавить НДПА.
12 декабря 1979 года, по предложению комиссии Политбюро ЦК КПСС по Афганистану (Ю. В. Андропов, А. А. Громыко, Д. Ф. Устинов, Б. Н. Пономарев), Л. И. Брежневым было принято решение об оказании ДРА военной помощи «путем ввода на его территорию ограниченного контингента советских войск». Главная цель военного присутствия определялась как оказание помощи в стабилизации обстановки и отражения возможностей агрессии извне. Советские войска должны были встать гарнизонами и не ввязываться во внутренний конфликт и боевые действия.
Были голоса и «против». И главными противниками ввода войск были военные. Так, Маршал Советского Союза С. Ф. Ахромеев вспоминал: «…в целом, главным образом из-за несоответствия поставленных советским руководством военно-политических задач количеству выделенных войск и конкретной обстановке в этой стране, военного успеха не было и быть не могло. Именно из-за этого несоответствия и выступило руководство Генерального штаба осенью 1979 года против ввода войск в Афганистан».
Подтверждает это и генерал В.И.Варенников: «Генеральный штаб категорически был против ввода войск в Афганистан. Эта позиция была известна не только министру обороны Д. Ф. Устинову — она докладывалась начальником Генерального штаба Н. Огарковым руководству страны. Мотивы, на наш взгляд были убедительные: внутренние конфликты афганские руководители решать должны самостоятельно; Афганистан дружеская страна и ввод войск на его территорию нельзя будет обоснованно представить ни советскому, ни афганскому народу, ни мировой общественности; ввод войск таит в себе опасность участия в боевых действиях, что противоречит внешней политике СССР; слабое знание обычаев и традиций афганцев, особенностей ислама, национально-этнических и родоплеменных отношений может поставить наших воинов в трудное положение…».