Одним из этих факторов эволюции была Черная смерть. Группа индийских и европейских ученых попыталась отыскать следы Черной смерти в человеческом геноме на примере популяции цыган. Михай Нетеа из Голландии в сотрудничестве с учеными из Румынии, Испании и Индии провел скрининг доступных геномных банков данных и проанализировал около 200 тысяч вариантов однонуклеотидного полиморфизма (SNP), благодаря которым все люди отличаются друг от друга, во множестве генов иммунной системы. Ученые обнаружили кластер генов, подвергавшихся положительному отбору в результате процесса «выметания отбором» (selective sweep). Такого кластера нет у жителей северо-западных районов Индии, откуда когда-то пришли цыгане (нет его также ни у африканцев, ни у китайцев). Наличие положительного отбора при отсутствии перемешивания генов европейцев и цыган говорит о том, что эти популяции на протяжении последней тысячи лет подвергались воздействию одинаковых факторов, которых не было в Индии. Черная смерть никогда не бушевала там с той же силой, как в Европе, а высокий уровень смертности может быть очень мощным эволюционным фактором. Но мы не знаем, является ли это изменение в ДНК результатом случая или проявлением врожденного иммунитета.
Результаты исследования демонстрируют наличие четкой корреляции, которую группа Нетеа досконально проверила с помощью дополнительного метода. На участке ДНК, который, по-видимому, эволюционировал в результате эпидемий чумы, располагается семейство генов с традиционно неуклюжим названием[37] – гены Толл-подобных рецепторов (Toll-like receptors, TLR). Кодируемые ими белки находятся на поверхности иммунных клеток, таких как макрофаги или сигнальные клетки. Они ожидают появления специфических микробов. При обнаружении мишени раздается сигнал тревоги, и в боевую готовность приходит вся армия клеток врожденного иммунитета, защищающего нас от чужеродных клеток и частиц. Гены TLR 1, 2, 6 и 10 совместными усилиями узнают Yersinia pestis, причем располагаются они в виде кластера как раз в том участке ДНК, который не сильно, но заметно эволюционировал в геноме европейцев и цыган, но не у других народов. Вот так последствия чумы отпечатались в наших генах.
«Тайная история» Прокопия, в которой описана бубонная чума Юстиниана, относится к VI веку. Но по мере того как мы продвигаемся в прочтении древней ДНК, извлеченной из древних костей, прошлое начинает выглядеть несколько иначе. Последний обширный обзор на эту тему был опубликован в 2015 году датским генетиком Симоном Расмуссеном после того, как его исследовательская группа тоже прошлась по следам чумы. В отличие от предыдущих исследований, когда ученые искали следы бактерий в чумных колодцах, в данном случае был проанализирован геном 101 человека из самых разных могил бронзового века, рассеянных на территории Европы. Исследование показало, насколько изменились возможности генетики всего за несколько последних лет: ученым удалось проанализировать 89 миллиардов фрагментов ДНК, извлеченной из зубов! Причем речь идет о древней ДНК, содержащей примеси, и не только человеческой ДНК. Часть ДНК принадлежала организмам, которые питаются разлагающими телами. Часть, наверное, относилась к безвредным или полезным бактериям, всегда живущим в организме человека. И еще часть принадлежала самому человеку. Кроме того, здесь была ДНК патогенов, возможно, убивших этих людей. В таком захватывающем путешествии ученые должны совершенно точно знать, что они ищут, и из всей этой невероятной мешанины Расмуссен выудил остатки генома