Отец Иоанн, впоследствии уже прославленный, неоднократно говаривал, что все свое благочестие он почерпнул из чтения богослужебных книг.
Весьма характерно, что односельчане отца Иоанна еще в мальчике Ване прозрели великого молитвенника и в бедах и нуждах своих всегда просили его помолиться за них.
Когда пришло время учиться, родители собрали последние деньги и определили мальчика Ваню в Архангельское приходское училище.
Учение давалось ему туго: он плохо понимал и запоминал. Это обстоятельство чрезвычайно огорчало и смущало доброго мальчика, так как он сознавал, как трудно дается родителям его учение.
Больно мучила его мысль о родном доме, о тамошней нищете, и, кажется, в это время он научился с особенной болью чувствовать чужую нужду, болеть о чужой бедности и нищете; он больше всего грезил о том, что когда вырастет, то выведет отца и мать из нужды и поможет всем. В Ване развивалась болезненная чуткость к страданию.
Школьная мудрость оказалась для него еще труднее начального учения. Ласковой помощи матери около него не было, учителя мало заботились о том, чтобы помогать ученикам. Школьное дело шло плохо. Он работал целые дни и все-таки не успевал.
Поэтому, движимый пламенной верой в Бога, он однажды, ложась спать, особенно горячо помолился Богу, прося Господа просветить его ум к разумению учения. Молитва веры кроткого и смиренного мальчика была услышана, и Господь обильно излил на него дары Святого Духа.
Вот что пишет об этом сам отец Иоанн:
«... Ночью я любил вставать на молитву. Все спят... тихо. Не страшно молиться, и молился я чаще всего о том, чтобы Бог дал мне свет разума на утешение родителям. И вот, как сейчас помню, однажды, был уже вечер, все улеглись спать. Не спалось только мне, я по-прежнему ничего не мог уразуметь из пройденного, по-прежнему плохо читал, не понимал и не запоминал ничего из рассказанного. Такая тоска на меня напала; я упал на колени и принялся горячо молиться. Не знаю, долго ли я пробыл в таком положении, но вдруг точно потрясло меня всего. У меня точно завеса спала с глаз, как будто раскрылся ум в голове, и мне ясно представился учитель того дня, его урок; я вспомнил даже, о чем и что он говорил. И легко, радостно так стало на душе. Никогда не спал я так спокойно, как в ту ночь. Чуть светало, я вскочил с постели, схватил книги и, — о счастье, — читаю гораздо легче, понимаю все, а то, что прочитал, не только все понял, но хоть сейчас и рассказать могу. В классе мне сиделось уже не так, как раньше: все понимал, все оставалось в памяти. Дал учитель задачу по арифметике — решил, и учитель похвалил меня даже. Словом, в короткое время я подвинулся настолько, что перестал уже быть последним учеником. Чем дальше, тем лучше и лучше успевал я в науках, и в конце курса одним из первых был переведен в семинарию»