Собственно говоря, во время глубокого кризиса католической церкви любой понтифик нуждался в таких людях, как в воздухе. Римский первосвященник не имел никакого оружия против нарастающего недовольства и жажды раскола, кроме инквизиции. А инквизиция уже не помогала, мало того, она плохо сочеталась с христианским милосердием. Кроме того, некоторые государи, например Генрих Тюдор, порвавший с Римом, или некоторые германские курфюрсты, открыто поддерживающие Лютера, сильно подрывали престиж Святого престола.
Конечно, Риму хотелось найти иные подходы к населению, кроме запугивания репрессиями. Требовалось какое-то обновление, оставляющее при этом в неприкосновенности суть католичества. Под этот запрос идеально подошли иезуиты. Не уступающие в своей образованности гуманистам, они в то же время были крайне популярны и близки народу: тут неоценимой оказалась их работа в госпиталях, тесное общение с самыми широкими массами, вплоть до маргиналов, и практическая психологическая помощь каждому желающему. Они ярко выделялись на фоне тогдашнего католического духовенства, они вызывали интерес, к ним тянулись, их слово имело вес.
После смерти Павла III их не перестали поддерживать другие понтифики. Они стали отрядом быстрого реагирования для папства, его рыцарской духовной гвардией. В «Истории Общества Иисуса» Орландини есть рассказ о том, как Игнатий предстал перед новым папой Марцеллом II, дабы предложить служение своего ордена. Первосвященник сказал ему: «Ты набираешь воинов и готовишь их к войне; мы же их используем» (Ти milites collige et balatores instrue; nos utemur). Литераторы более поздних времен проводили параллели между иезуитами и опричниками Ивана Грозного.
Как пишет отец Кандидо де Далмасес, «…они с готовностью отправлялись туда, куда их призывали, или туда, где они видели возможность принести больше плода. Они проводили «Упражнения», проповедовали, отправлялись с миссиями в города, принимали участие в переговорах с протестантами, совершали апостольское служение беседы, которая, вкупе с «Упражнениями», считалась наиболее действенным видом их служения». При этом иезуиты всегда старались избегать конфликтов, ведя сложные переговоры и порой проявляя чудеса дипломатии.
Впрочем, ради служения вере Лойола совершал и достаточно жесткие поступки. Именно он, не один раз страдавший от инквизиторов, убедил Павла III учредить Римскую инквизицию. Вот его подлинные слова из письма Симону Родригишу: «Я убедительно и часто призывал к этому кардинала Бургоса [Альвареса де Толедо] и кардинала Театинского [Караффу] — кардиналов, которые по поручению Папы занимались этим делом; и когда в Лукку проникали новые еретические заблуждения, они несколько раз разговаривали с Папой. Его Святейшество назначил шесть кардиналов, дабы они, составив здесь, в Риме, организацию наподобие инквизиции, могли в различных частях Италии предупредить подобные заблуждения — предупредить во всем». Вместе с тем Лойола постоянно предостерегал духовенство от любых проявлений алчности, «поскольку это уже причинило так много вреда и дает столько поводов для плохого мнения о Святом престоле». Он требовал назначать на видные посты только священников с безупречной репутацией, к тому же хорошо образованных, а также тщательно следить за детскими школами, оберегая их от преподавателей-еретиков. Что касается наказаний за распространение ереси, то, по его мнению, «возможно, было бы благоразумно наказывать ссылкой или тюрьмой, а в некоторых случаях даже смертью». «Однако, — добавляет Игнатий, — об этой крайней мере я не говорю, потому что мне кажется, что Германия в ее нынешнем положении не сможет этого вынести».