И вот в мае 1871 года русские войска под командованием генерала Колпаковского вошли в долину Или и разбили пытавшиеся остановить их более чем вдвое превосходящие силы туземцев. Двадцать девятого июня султан капитулировал, и 4 июля русские войска вступили в столицу долины Или — Кульджу. В Санкт-Петербург полетела шифрованная депеша: «Так как китайское правительство не в состоянии выслать своих войск для принятия от нас занятых провинций, а высылать одних сановников, без поддержки их вооруженною рукою, весьма основательно опасается, то, во исполнение высочайшего повеления, дальнейшие действия наши решено направить не для восстановления маньчжурской власти, а лишь для утверждения спокойствия и порядка на наших границах».
Долина Или после изгнания китайцев из Туркестана оказалась настолько оторванной от китайских застав, что Пекин ничего не знал о русском вторжении в нее до тех пор, пока не получил официального уведомления об этом из Санкт-Петербурга. Китайскому императору сообщили, что царские войска очистили долину Или от мятежников и будут удерживать ее до тех пор, пока он или кто-либо другой не сможет защитить этот район от незаконных посягательств, в том числе и Якуб-бека. Китайцев это не убедило, и они потребовали немедленно восстановить там свою власть. Санкт-Петербург ответил, что непременно сделает это, как только китайский император пришлет в провинцию достаточное количество войск, способных обеспечить в провинции порядок. Китай на тот момент был не в состоянии выполнить этого условия, и провинция Или фактически осталась в руках России.
Британцы и, вероятно, китайцы тоже, конечно же, не поверили в то, что Россия искренне обещает вернуть эти плодородные земли законному владельцу — Китаю. Английские специалисты считали провинцию Или очень важной в стратегическом отношении, приравнивая ее по значению к Хайберскому перевалу для Афганистана. Но долина Или имела не только стратегическое значение: геологи прекрасно знали о богатых залежах в этих местах полезных ископаемых. Одновременно долина служила и главной житницей этого пустынного района — такой факт едва ли мог ускользнуть от внимания военных. Кроме того, Россия теперь оказалась фактически в непосредственном пограничном контакте с владениями Якуб-бека, что, естественно, облегчало русским ведение переговоров с главой Кашгарии.
Весной 1872 года к кашгарскому двору прибыл высокопоставленный чиновник. Он намеревался в обмен на открытие русским купцам кашгарских рынков на особо благоприятных условиях — при одновременном ограничении доступа туда англичан — предложить Беку полное признание его власти. На сей раз переговоры прошли успешно, или, по крайней мере, так казалось. И Россия, воодушевленная своими успехами, в начале следующего года заключила с Англией соглашение об урегулировании давних разногласий по линии северной границы Афганистана, которое касалось суверенитета обширных отдаленных областей Бадахшан и Вахан в верховьях Амударьи, где русские заставы ближе всего подходили к британской части Индии. Лондон постоянно утверждал, что эти области являются неотъемлемой частью Восточного Афганистана, а Санкт-Петербург оспаривал это, указывая на приоритет эмира Бухарского и хана Кокандского.