Являясь в то время начальником штаба корпуса жандармов и управляющим III Отделением, граф Петр Андреевич Шувалов рекомендовал князю Долгорукову для разработки дела Чернышевского коллежского секретаря Путилина, мастера оперативного внедрения и оперативного эксперимента, которого граф прекрасно знал по своей прежней службе в полиции Санкт-Петербурга.
Уже в августе 1861 года Иван Дмитриевич нашел подпольную типографию, которую у себя на дому устроил некто Всеволод Костомаров. Там обнаружились распространяемые им прокламации «К молодому поколению» и газета «Великорус». Следственной комиссии III Отделения Собственной Его Императорского Величества канцелярии Костомаров дал признательные показания, что автором «Великоруса» является Чернышевский, а прокламации «К молодому поколению» — некто Николай Шелгунов.
У Следственной комиссии появились первые доказательства вины Чернышевского и Шелгунова в подрывной антигосударственной деятельности. Комиссия продолжила работу по сбору доказательств, и арест двоих революционеров-демократов оставался лишь вопросом времени.
А из III Отделения Собственной Его Императорского Величества канцелярии 19 октября 1861 года поступает запрос за № 1621 на имя Санкт-Петербургского обер-полицмейстера А. В. Паткуля: «Секретно.
Милостивый Государь Александр Владимирович.
Предполагая войти с представлением о награждении Надзирателя здешней полиции Путилина за успешное исполнение поручений, которые были на него возложены по делам III-го Отделения Собственной Его Императорского Величества Канцелярии, имею честь покорнейше просить Ваше Превосходительство, почтить меня уведомлением, не изволите ли встречать со своей стороны к тому препятствия, и если препятствия нет, то не благоугодно ли будет Вам, Милостивый Государь, доставить ко мне формулярный список о службе Путилина.
Примите уверение в моем совершенном почтении и преданности.
Граф Шувалов»[38].
Через двенадцать дней, 31 октября 1861 года, Путилин за успешное исполнение возложенных на него особых поручений был награжден орденом Святого равноапостольного князя Владимира 4-й степени. Однако узнал он о своем триумфе на секретной службе Его Величества лишь двумя месяцами позже, когда из III Отделения Собственной Его Императорского Величества канцелярии 4 декабря 1861 года за № 1869 на имя Санкт-Петербургского обер-полицмейстера поступило сообщение, подписанное еще одним бывшим полицейским начальником Ивана Дмитриевича: «Господину С.-Петербургскому Обер-Полицеимейстеру. Государь Император, по всеподданнейшему докладу Шефа Жандармов об успешном исполнении Квартальным Надзирателем С.-Петербургской городской полиции Коллежским Секретарем, Иваном Путилиным особых поручений по делам III-го Отделения Собственной Его Императорского Величества Канцелярии, Всемилостивейше соизволил пожаловать Путилина кавалером Ордена Св. Равноапостольного Князя Владимира 4-ой степени, о чем имею честь уведомить Ваше Превосходительство, долгом считая присовокупить, что я вместе с сим сообщил Канцелярии Капитула Орденов о доставлении к Вам, Милостивый Государь, орденских знаков и грамоты для вручения означенному Кавалеру.