В августе 1916 г. положение о КРО штаба Черноморского флота было заменено «Положением о разведывательной части штаба командующего Черноморским флотом в военное время». В этом «Положении» по сравнению с предыдущим больше внимания уделялось вопросам регулирования разведывательной деятельности[37].
Создается система органов морской контрразведки на северном театре военных действий. В данном регионе в 1917 г. контрразведку осуществляли: Особый морской Мурманский контрразведывательный пункт штаба Кольского района обороны; Особый Кемский морской контрразведывательный пункт; Беломорское контрразведывательное отделение; контрразведывательное отделение штаба флотилии Северного Ледовитого океана и другие контрразведывательные структуры.
Что же касается контрразведки Морского Генштаба, то укомплектовать и организовать ее работу оказалось сложнее. К середине 1916 г. в Морском Генеральном штабе по примеру ГУГШ было создано Центральное Морское регистрационное бюро. Руководство Регистрационной службы, на которую возлагались функции контрразведки и разведки, приоритетным считало разведывательное направление. В связи с этим особое внимание уделялось укреплению аппаратов военно-морских агентов (атташе), прежде всего в Скандинавии. Туда направлялась большая часть денег из секретных сумм и наиболее опытные кадры, если таковые находились, ибо кадровая проблема являлась наиболее острой в деле создания морской контрразведки.
Гибель новейшего линкора «Императрица Мария» в октябре 1916 г., что с наибольшей вероятностью расценивалось как диверсия германских агентов, несомненно заставила руководство МГШ задуматься о принятии наиболее энергичных мер в сфере морской контрразведки. Начальник Морской Регистрационной службы МГШ капитан 2-го ранга В.А. Виноградов предпринял необходимые меры по активизации работы военно-морских агентов по линии внешней контрразведки, а в начале 1917 г. инициировал созыв представительного совещания, на котором обсуждался один вопрос — «О сформировании морской контрразведки». В совещании приняли участие, помимо самого Виноградова, руководитель разведывательного делопроизводства ГУГШ полковник М.Ф. Раевский, начальник Центрального военно-регистрационного бюро ГУГШ полковник В.Г. Туркестанов, заместитель Виноградова подполковник А.И. Левицкий, начальник КРО штаба Петроградского военного округа полковник В.И. Якубов и глава Петроградского морского КРО полковник И.С. Николаев. Поскольку на флоте не было специалистов, знакомых с особенностями контрразведки, то 12 февраля 1917 г. по итогам работы совещания издали приказ по Отдельному корпусу жандармов, который определял порядок службы его офицеров в морской контрразведке. Но осуществить эту работу по обеспечению контрразведывательных объектов флота профессиональными кадрами из числа жандармских офицеров не удалось из-за Февральской революции.