Другим спорным вопросом стало намерение украинской стороны собирать таможенные пошлины со всех товаров, ввозимых для нужд российского флота. В Москве с этим также были абсолютно не согласны. Более того, российская сторона пыталась добиться отмены всех налогов, которые уже действовали в отношении грузов, ввозимых для обеспечения жизнеспособности российского флота. Нерешённой осталась и проблема маяков, находящихся в пользовании у Черноморского флота России.
Накапливались и проблемы вокруг продлённого по новому договору пребывания Черноморского флота в Севастополе. За три года не была проведена инвентаризация имущества и земли, которую арендовал российский флот в Крыму, что затрудняло определение реальной стоимости объектов. Нередко арендуемые объекты использовались не по назначению. К примеру, по данным Центра НОМОС, Черноморский флот РФ передал третьим лицам до 200 объектов, которые использовались под магазины, бары, офисы, склады и т. д. В то время как российские военные зарабатывали на имуществе, сдавая его в субаренду, Украина теряла деньги. По словам директора военных программ Центра Разумкова Николая Сунгуровского, коммерческая цена аренды имущества колеблется в пределах 2–9 млрд, долларов. Конечно, данная цифра вызывает большие сомнения. Но, тем не менее, для России её присутствие в Крыму действительно обходилось довольно дешево — около 100 млн. долларов ежегодно. Деньги эти не перечислялись Россией, а шли в счет погашения украинского газового долга 1990-х.
Кроме того, не был урегулирован вопрос по контролю пребывания российских солдат на территории Украины. «Также не завершен процесс передачи маяков, нет определенности с условиями замены российских кораблей», — пояснял руководитель исследовательских программ Центра исследований армии, конверсии и разоружения Сергей Згурец.
Россия же за этот период увеличила численность военнослужащих в Крыму и количество кораблей. Согласно данным 2010 года, численность Черноморского флота составляла 35 кораблей, 2 подводные лодки и 11,5 тысяч военнослужащих. В 2013 году количество кораблей выросло до 43, а количество военнослужащих — до 14 тысяч.
Но всё это были мелочи на фоне самого важного вопроса — газового. Перед встречей в Харькове премьер Николай Азаров вылетел в Москву на переговоры с премьером Путиным: надо было утрясти все детали харьковской сделки. После многочасовых переговоров договорились, что пока цена на газ не будет меняться в течение года, а потом вернуться к обсуждению этого вопроса. Россия согласилась разве что пойти на скидку в размере 100 долларов. Азаров подробно проинформировал Януковича о всех договоренностях, которые предстояло подписать в Харькове. Янукович остался недоволен и заявил, что он постарается переубедить президента Медведева пойти на пересмотр цены на газ. После подписания харьковских договоренностей он сразу позвонил премьеру и хвастливо сообщил ему, что он поднялся вместе с президентом России Дмитрием Медведем в его самолет и там вырвал у него обещание пересмотреть цену на газ в ближайшее время. Азаров задал ему всего один вопрос: эти договоренности оформлены на бумаге или все ограничилось устной беседой? Услышав, что все ограничилось устной беседой, Николай Азаров заметил, что все это несерьезно. Но Янукович заверил его, что ему Медведев лично дал слово. Азаров настаивал на оформлении этой договоренности и чем быстрее, тем лучше: пришлось Януковичу снова лететь в Москву, где прошла знаменитая встреча в формате Янукович, Медведев и Путин на даче президента РФ. Вернулся он оттуда крайне раздражённым: Медведев в присутствии Путина заявил, что он такого обещания не давала и цена остаётся прежней с учетом 100 долларов скидки, по крайней мере, в течение всего года.