Силовая установка самолета состоит из четырех маршевых ТВД АИ-30 мощностью по 5500 э.л.с. с четырехлопастными винтами (диаметром 5 м) и дополнительно устанавливаемых (для уменьшения взлетно-посадочных дистанций) четырех спаренных разгонно-тормозных двигателей РД36-35 в двух гондолах, подвешенных на пилонах под крылом между гондолами маршевых двигателей.
В носовой части фюзеляжа расположены кабина штурмана, затем кабина экипажа и кабина сопровождающих (17 человек). Над кабиной сопровождающих находится рабочее место с блистером для бортстрелка, который дистанционно управляет кормовой башней ДБ-75. В кормовой башне размещены две двухствольные скорострельные 23-мм пушки АО-9, прицельная радиолокационная станция ПРС-4 "Криптон" и вычислительный блок ВБ-257А-5. Кроме того, в обтекателях шасси подвешиваются кассетные держатели КДС-16ГМ для контейнеров автоматического сбрасывания дипольных отражателей пассивных помех.
Воздушное десантирование боевой техники и грузов обеспечивается механизированным способом или при помощи вытяжных парашютов спецоборудованием, вмонтированным в конструкцию грузового пола. При посадочном десантировании личного состава в грузовой кабине устанавливаются десантные сиденья на 125 человек, а в санитарном варианте - унифицированные армейские носилки (82 шт.).
В начале 1965 г. был построен и утвержден макетной комиссией макет Ан-40 в натуральную величину. Однако дальнейшие работы не проводились из-за бесперспективности развития самолетов с ТВД.
Ан-40 ПЛО (противолодочная оборона) - вариант Ан-40 с силовой установкой, работающей как на керосине, так и на водородном топливе. В грузовой гермокабине самолета размещен газообразный водород (134,5 м3). Боевая нагрузка (торпеды и глубинные бомбы) общей массой до 10 т размещается в передней части удлиненных обтекателей шасси.
По расчетам при взлетной массе 90 т в режиме максимальной дальности (15 500 км) самолет развивает крейсерскую скорость 550 км/ч, продолжительность полета на высоте 9000 м составляет 27 ч; в режиме барражирования на высоте 500 м скорость 350 км/ч и продолжительность полета 22 ч при дальности барражирования 7750 км.
В 1964 г. были выполнены предложения по этому самолету, но он не строился.
Ан-42 - вариант Ан-40 с УПС. Для снабжения сжатым воздухом на самолете установлены турбокомпрессоры на базе двигателей РД36-35В: один - в форкиле, два - за центропланом в заднем зализе крыла.
Крыло по геометрии и аэродинамической компоновке полностью соответствует крылу Ан-40 и отличается только конструкцией хвостовой части и механизации. Хвостовая часть крыла отличается очертанием в месте сопряжения с закрылком и элероном и наличием системы выдува воздуха (сопла выдува). Закрылки с системой УПС - однощелевые с фиксированной осью вращения.