В связи с появлением в США подводного флота, оснащенного ракетно-ядерным оружием, в нашей стране была создана мощная противолодочная оборона, причем авиации отводилась ведущая роль по поиску и уничтожению подводных лодок. Остро встал вопрос о срочном создании поисково-ударных самолетов противолодочной обороны. Исходя из новых условий применения авиации флота рассматривалась возможность модификации Бе-10 в самолет ПЛО. Однако и здесь реанимировать тему Бе-10 не удалось. Имеющаяся в то время поисковая аппаратура оказалась непригодной для установки на Бе-10, так как самолет обладал слишком большими скоростями полета. Кроме того, в этот период успешно проходил государственные летные испытания поисково-ударный самолет-амфибия ПЛО Бе-12, серийный выпуск которого намечался на 1963 г. Все эти обстоятельства послужили основанием для снятия в 1963 г. первого серийного реактивного гидросамолета со стреловидным крылом Бе-10 с вооружения.
Самолет-амфибия Бе-12
До середины 1950-х гг. в СССР самолеты, ведущие поиск и уничтожение подводных лодок, по своему оснащению мало чем отличались от обычных самолетов-разведчиков, имеющих на борту бомбовую нагрузку и стрелковое вооружение.
Только в 1953 г. в нашей стране была создана первая авиационная радиогидроакустическая система, включающая в себя комплект из 18 буев РГБ-Н и приемное автоматическое радиоустройство СПАРУ-55. Эта система, размещенная на патрульном гидросамолете Бе-6 и успешно прошедшая испытания в 1955 г. под названием "Баку", была принята на вооружение морской авиации. Она позволяла обнаруживать дизельную подводную лодку, следовавшую под перископом или на глубине 50 м со скоростью 5...6 узлов на удалении 1,5...6 км от буя. Почти одновременно с системой "Баку" был разработан авиационный магнитометр АМП-56.
В мае 1956 г. ОКБ МС, руководимое Г.М. Бериевым, получило задание на разработку специализированного турбовинтового самолета-амфибии для борьбы с подводными лодками. Предполагалось также, что в переоборудованном варианте самолет должен был выполнять и другие функции, в частности спасать терпящих бедствие на море людей.
После проведения многочисленных расчетов и проработок с учетом результатов исследований, полученных после продувок моделей в аэродинамических трубах и буксировочных испытаний в гидроканале ЦАГИ, а также результатов испытаний динамически подобной радиоуправляемой модели самолета-амфибии главный конструктор утвердил проект противолодочного самолета-амфибии под шифром Бе-12 (заводской индекс "Е"). В ноябре 1957 г. был построен полноразмерный макет машины, но только в марте 1958 г. после проведения дополнительных проработок и согласований, в частности по системе спасения экипажа, проект был принят Государственной комиссией и стал официальным документом.