Естественно, что ниндзя постоянно сталкивались с необходимостью преодоления водных преград. Поэтому большое внимание в обучении ночных воинов уделялось водной подготовке (суй-рэн).
Ниндзя с раннего детства изучали различные техники плавания и прыжков в воду, тренировались в длительном пребывании под водой. Для дыхания под водой они использовали кожаные мешки, наполненные воздухом (при отсутствии такого мешка его легко заменял плащ или кусок материи), дыхательные трубки из бамбука или тростника, а также ножны меча или длинные курительные трубки.
Ласты для плавания — мидзукаки.
Переправляя по воде тяжелые грузы ниндзя использовали плавательные перепонки, надеваемые на ноги (мизукаки). Подобные ласты позволяли значительно увеличить скорость плавания. Некоторые источники упоминают об использовании ниндзя специальных приспособлений, напоминающих маску современных аквалангистов.
В ходе подготовки ниндзя уделяли серьезное внимание изучению особенностей техники ведения поединка в воде и под водой (аши-гарами).
Требуется очень много сил, чтобы под водой освободиться от смертельных объятий противника. Здесь в ход идет все: и надавливание на болевые точки, и сковывание ног противника, лишающее его возможности плыть, и умение точно рассчитать запас воздуха в своих легких, выдавливая его из легких врага.
В тех случаях, когда характер водоема или условия операции не допускали погружения в воду, ниндзя использовали специальные приспособления, позволяющие им перемещаться по воде или совершать длительные заплывы, что порождало множество легенд и слухов об их умении ходить по воде. Это и складные портативные плотики (икада), и понтонные мостики (укибаси), и «водяные пауки» (мидзугумо), и надувные кожаные мешки и жилеты.
Плавучий мостик — укибаси.
Одним из вариантов «водных транспортеров» были «плавающие коробки» — укидару, предназначавшиеся для пересечения озер и болот. Они представляли собой прочные корзины цилиндрической формы с довольно широким плоским дном, сплетенные из камыша. Надев такие корзины на ноги, ниндзя с помощью бамбукового весла мог осторожно двигаться по поверхности воды или шагать по болоту. Широкое весло позволяло грести и поддерживать равновесие.
Для преодоления топкой болотистой местности или водоемов с густой растительностью применялись специальные «башмаки» — мидзугумо. Каждый из них состоял из четырех изогнутых деревянных пластин, крестообразно соединенных вместе и имел в центре деревянную площадку, на которой закреплялась нога. Перемещения с помощью мидзугумо напоминали ходьбу по снегу с помощью снегоступов. Своими широкими круглыми плоскостями они удерживали человека на поверхности подобно тому, как кольцо на лыжной палке удерживает ее от проваливания в снег.